在过去的十几年时间里，利用不同的分子标记促进了分子生态学和群体遗传学的较大发展，其中线粒体DNA和微卫星DNA分析在分子生态学研究中得到了最为广泛的应用，多核基因分子标记也越来越受到人们的关注。本文采用了比较基因组学方法来研究了藏鸡(Tibetan Chickens)和姬鼠属(Apodemus)的系统进化，对藏鸡的研究主要是为了解决藏鸡的系统进化地位及其线粒体基因组的进化特征；对姬鼠属的研究目的在于发展建立一种崭新的研究野生动物系统进化和生物地理的比较基因组学手段。主要结果描述如下：　　 (1)藏鸡(Tibetan Chickens)线粒体全基因组序列的测序和分析　　 通过利用PCR扩增，测序，拼接，获得藏鸡线粒体全基因组序列并进行数据分析处理。藏鸡线粒体全基因组序列全长16783bp，共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个D-loop区。模拟电子酶切结果显示，藏鸡Dral酶的酶切结果和其他家鸡及红原鸡的酶切结果都相同。基于D-loop区全序列和13个蛋白质编码基因序列，采用N-J算法与原鸡属4个种，3个亚种和3个家鸡品系构建系统进化树：初步确定藏鸡起源于红原鸡，与家鸡中的来航鸡、白洛克鸡亲缘关系最近，但是藏鸡的进化与来航鸡、白洛克鸡这两个家鸡品系又显得相对独立。推测可能原因是藏鸡的祖先在进入高原以后处于相对封闭的环境，从而形成了独特群体遗传特性。　　 (2)姬鼠属(Apodemus)系统进化中的比较基因组学研究　　 本文中本文作者利用比较基因组学的研究方法寻找Exon-Primer-Intron-Crossing(EPIC)位点，并在中国四川省姬鼠属3个种18个个体中进行检验。其方法是：通过比较人和小鼠基因组，选择其中的外显子高度保守的单拷贝基因，然后在500-1500bp长度内含子的两端利用外显子序列设计了引物，再进行PCR扩增和克隆分析。通过PCR扩增，我们在102对引物选择了6对引物在18个姬鼠属个体中进行PCR产物克隆和测序。通过和Cyt-b相比较，在6个位点当中，有5个位点构建的系统进化树和Cyt-b构建的系统进化树的拓扑结构高度一致，其中4个位点可以很好的区分地理不同的种群。通过计算核酸多样性，6个位点的到的结果都很接近，说明6个位点的突变率没有太大的差别。由此可见，本文作者利用比较基因组学的方法寻找EPIC位点用于系统发育和群体遗传学的研究是可行的，通过利用模式物种的基因组信息来研究野生非模式物种的系统发育和群体遗传学将会提供前所未有的数据量和分辨率。