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本论文采用传统培养法研究了肉仔鸡小肠主要正常菌群的演替规律及添加抗生素(金霉素)和益生菌(乳酸菌)对肉仔鸡小肠菌群结构的影响，同时采用PCR-DGGE技术研究了小肠菌群的多样性。试验采用0日龄公母混合的健康爱维因肉仔鸡360只，随机分成3个处理，每个处理3个重复，处理组A喂基础日粮，处理组B、c分别在基础日粮中添加100mg/1kg的金霉素和0.5％的乳酸菌发酵液(活菌数达10<9>个/1kg)。
1、在0，3，7，14，21，28，42日龄时，无菌采集小肠内容物，采用传统微生物培养法，对肉仔鸡小肠中的9种肠道主要肠道菌(肠杆菌、肠球菌、葡萄球菌、放线菌、拟杆菌、乳酸杆菌、双歧杆菌、消化球菌及梭菌)和总需氧菌、总厌氧菌进行分离、培养、鉴定及计数。结果表明：
(1)大部分菌是先在小肠前部出现的，但拟杆菌和梭菌是先在小肠后部的。7日龄前需氧菌比厌氧菌多，14日龄后厌氧菌占优势。从整个演替规律来看，3日龄和7日龄的菌群结构较特殊，尤其是3日龄的，说明3日龄的菌群结构是短暂过渡型的，21日龄菌群结构基本达到稳定(回肠的菌14日龄基本稳定)。菌群稳定后，十二指肠的优势菌群为乳酸杆菌(7.46)，空肠的为乳酸杆菌和双歧杆菌(6.92，6.19)，回肠的是乳酸杆菌、双歧杆菌、肠杆菌和肠球菌(6.72，6.72，6.75，6.46)。
(2)金霉素组肉仔鸡小肠菌群稳定后，十二指肠的优势菌群为乳酸杆菌(7.49)，空肠的为乳酸杆菌和双歧杆菌(6.85，6.14)，回肠的是乳酸杆菌、双歧杆菌和肠杆菌(6.78，6.64，6.62)。
(3)乳酸菌组肉仔鸡小肠菌群稳定后，十二指肠的优势菌群为乳酸杆菌(7.67)，空肠的为乳酸杆菌和双歧杆菌(7.25，6.33)，与对照组和抗生素组的不同的是回肠的是乳酸杆菌和双歧杆菌(7.04，6.90)。
(4)金霉素和乳酸菌虽然都能抑制肉仔鸡小肠内的有害菌数量，但金霉素的抑制主要作用在21日龄前，之后抑制作用逐渐消失；乳酸菌的抑制作用是随日龄逐渐增大的，持久。而且金霉素在抑制有害菌的同时也抑制部分有益菌，乳酸菌则使小肠内的乳酸杆菌、双歧杆菌等肠道有益菌比例增大。
2、在14日龄和42日龄时，无菌采集十二指肠和回肠内容物，采用PCR-DGGE技术研究菌群的多样性。结果表明14日龄的十二指肠菌群是暂时过渡型的，有的菌还没有完成在十二指肠中的定植：回肠的部分微生物在14日龄时完成定植，但与42日龄的微生物结构有差异；金霉素对小肠微生物有抑制作用，对十二指肠的抑制作用14日龄比42日龄显著，但对回肠的相反；乳酸菌则有一定的增殖作用，且42日龄的效果更显著。