【摘 要】
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背景:宫颈癌是妇科最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率均较高。早期诊断和早期治疗可以降低宫颈癌的发病率和死亡率。然而,目前对宫颈癌的诊断和预后检测仍缺乏特异性的生物标志物。目的:本文主要通过生物信息学手段,利用公共数据库寻找与宫颈癌诊断和预后相关的分子生物学标志物。方法:从Pub Med的GEO数据库中下载mRNA表达数据集(GSE7803,GSE9750,GSE63514)和mi RNA数据集
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背景:宫颈癌是妇科最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率均较高。早期诊断和早期治疗可以降低宫颈癌的发病率和死亡率。然而,目前对宫颈癌的诊断和预后检测仍缺乏特异性的生物标志物。目的:本文主要通过生物信息学手段,利用公共数据库寻找与宫颈癌诊断和预后相关的分子生物学标志物。方法:从Pub Med的GEO数据库中下载mRNA表达数据集(GSE7803,GSE9750,GSE63514)和mi RNA数据集(GSE30656)。通过整合生物信息学方法将三个mRNA数据集整合为一个数据集。通过R语言筛选出差异表达的基因(DEGs)和mi RNA(DEMs),并绘制DEGs和DEMs的热图和火山图;利用STRING在线网站绘制DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape软件进一步可视化;通过HMDD和mi RWalk2.0在线网址分别获得已经验证的与宫颈癌相关的mi RNAs和DEMs的靶基因,并分别与GEO中筛选得到的DEMs和DEGs取交集;利用GEPIA网站验证DEGs在宫颈组织样本中蛋白表达情况;利用Onco Lnc和HPA数据库明确DEGs与宫颈癌的总体生存率(OS)和5年生存率关系;最后应用免疫组化实验方法明确宫颈癌组织中关键基因的表达。结果:1.通过R语言筛选出83个DEGs(12个上调,71个下调)和14个DEMs(3个上调,11个下调);2.利用HMDD数据库找到47个已经验证与宫颈癌相关的mi RNA,随后与与筛选出的14个DEMs取交集后得到3个mi RNAs(has-mi R-21,has-mi R-16上调,has-mi R-205下调);通过mi RWALK2.0网站预测上述三个mi RNAs的靶基因,hsa-mi R-21有5个靶基因,hsa-mi R-16有5个靶基因;hsa-mi R-205表达4个靶基因,将这14个靶基因与上述GEO中筛选的83个DEGs取交集,得到11个靶基因;根据mi RNA与靶基因负相关性的特点,选择靶基因ESR1、PPP1R3C、NSG1、TMPRSS11D、KLF4、GYS2、ENDOU做进一步分析;3.通过GEPIA分析发现KLF4,ESR1和PPP1R3C基因在宫颈癌组织中表达低于正常宫颈组织,而其他靶基因表达无统计学差异。4.生存分析表明低表达KLF4与较差的OS有关,而低表达ESR1与较差的5年生存期有关。5.利用免疫组化证实KLF4和ESR1在宫颈癌中的表达低于正常宫颈组织。结论:本研究通过生物信息学分析发现,上调的mi R-21和mi R-16分别下调KLF4和ESR1,且KLF4和ESR1的低表达与预后不良密切相关。检测KLF4和ESR1的表达对宫颈癌的诊断和预后有一定的临床意义,同时为宫颈癌的治疗提供有效的靶点。
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