当前我国正处于实现中华民族伟大复兴的关键时期,正踏上建设中国特色社会主义的新征程,科技的跨越式发展已成为国家大国地位、综合国力的强力支撑,而科技的创新不能缺乏人才和经费的支持,当前越来越多的横向科研项目对于高校而既提供了经费用于科学技术的研究,为科研人才开展科研提供了重要支撑,又为培养人才提供了渠道,同时可以服务地方经济,所谓一举多得。论文对当前国内外横向科研经费管理的相关文献进行了梳理,对于高校、高校横向科研经费、高校横向科研经费管理的定义做出了界定。基于经典的委托代理理论与新兴的协同治理理论的基本原理,对当前盐城两所高校横向科研经费的管理所反映出来的问题进行研究,如当前盐城两所高校的科研人员对政策掌握程度水平参差不齐,两所高校横向科研经费的管理在执行、验收、审计等多环节出现内部管理组织框架、预算、合同管理、结题和结余经费管理上的不足,横向科研项目经费的合同管理存在订立不规范、预算随意虚报、结项不结算等共性的问题。运用问卷调查的形式对所在问题通过统计数据分析进行剖析,旨在查明当前盐城高校在横向科研经费管理方面深层次的原因,分别从各级政府的法规制度、高校自身的管理体系、管理流程等层面进行科学“管理”,以期给予科学合理的具有建设性的意见,并在同类高校推广。