区域创新系统作为知识经济环境下推动地区经济发展的重要推动力,自从上世纪60年代美国“硅谷模式”——地域优势模型形成以来,世界其他国家和地区希望能够通过复制即关联学术界和产业界的方式构建本地区的区域创新体系,形成在激烈的市场竞争条件下使地区经济能够获得国内市场乃至国际市场的竞争地位和竞争优势,并在创新经济推动下促进区域经济的持续发展。然而在实践中发现简单模仿硅谷模式并不能形成有效地区经济发展的经济竞争优势,以我国西部地区为例：高新区、开发区林立；地方政府不断加大对产学结合的政策扶持和资金扶持力度；地区支柱产业的确立,包括本地区未来经济发展规划等等,而地区经济并未在区域创新系统的带动下获得显著的竞争优势。因此,区域创新系统的运行机制成为了学界对区域创新系统有效性分析的一个重要变量,我国学者冯之俊提出四个区域创新系统运行的基本机制,包括：利益驱动机制；学习培训机制；决策信息机制和竞争协调机制。本文在这四个基本机制的基础上,结合我国西部地区差异性的资源禀赋和现有的区域创新能力,对西部地区实施分类,并针对地区特殊性提出相应的区域创新系统选择机制。本文共分为六部分：第一部分,导论。本章的主要是对本文的研究背景、意义进行简单介绍,提出高效的西部区域创新系统运行机制对于西部经济发展的必要性,同时指出本文是针对我国西部地区创新能力现状和特有资源禀赋,选择适合于自身的区域创新系统运行机制。第二部分,对区域创新系统运行机制的影响因素进行分析,在此通过从区域制度模式、区域产业分工和产业集群以及互动学习机制三个方面进行对区域创新系统运行机制的研究,构建区域创新系统运行机制的基本构架。第三部分,本部分对西部地区的区域创新系统运行机制现状进行分析,这里从两个方面进行描述,一是对西部各个地区区域创新系统运行现状利用截面数据进行量化分析,二是对分析结果进行解释,并在此基础上提出西部地区当前创新系统运行中存在的问题。第四部分,从政府、企业、高校和科研机构为主体的创新组织在区域创新系统中的相互作用为出发点对于创新机制运行有效性进行分析和选择,提出市场导向、宏观调控、协调和保障是推动区域创新系统有效运行的重要机制。第五部分,针对不同创新主体的创新行为和西部地区现行的创新系统运行现状,提出完善西部地区现行机制的主要途径,即建立完善的市场制度,加快西部区域统一市场形成的建设；对西部地区高等院校、科研院所的制度变革；培养西部地区企业创新能力；构建多元化服务体系的建设与完善。第六部分,提出本文结论和尚待解决的问题。在全文分析的基础上针对西部地区特有的区域创新系统及其运行现状提出处于三个不同层次的各个地区应采取的创新机制的选择。同时,由于西部地区存在产业结构约束、国有企业与民营企业资源分配不均和现有的西部经济发展格局等问题的存在导致西部地区在区域创新系统运行机制选择上短期难以作出有效调整。