沙门菌是一种重要的人兽共患病原菌,也是世界各地食源性疾病爆发的主要原因之一,而多重耐药沙门菌的日益流行使得沙门菌病临床治疗的选择受限,给人类健康带来了威胁。氨基糖苷类药物是人医与兽医临床常用的抗菌药物之一,16S rRNA甲基化酶基因可介导多种氨基糖苷类药物的高水平耐药。本文对16S rRNA甲基化酶基因在我国多个省份食品源沙门菌中的流行分布进行调查,并探究其分子传播机制,以期为养殖业合理用药与延缓沙门菌耐药性发展提供理论依据。2019～2020年从全国11个省市采集猪肉和鸡肉样品共1037份,分离得到226株沙门菌,包括24种血清型,以鼠伤寒沙门菌、肯塔基沙门菌、里森沙门菌、伦敦沙门菌和德尔卑沙门菌为主。226株沙门菌采用PCR检测16S rRNA甲基化酶基因,结果发现17株肯塔基沙门菌和3株印第安纳沙门菌携带16S rRNA甲基化酶基因,包括rmtB（n=20）和armA（n=1）,其中1株印第安纳沙门菌同时携带rmtB和armA。采用琼脂稀释法对20株rmtB/armA 阳性沙门菌进行药物敏感性试验,发现阳性菌多重耐药现象严重,所有菌株至少对7类抗生素耐药。采用Illumina Hiseq测序技术对20株rmtB/armA阳性沙门菌进行全基因组测序,结果发现17株肯塔基沙门菌均为ST198型,而3株印第安纳沙门菌都属于ST17型。基于cgMLST位点的系统进化树显示,17株肯塔基沙门菌亲缘关系十分接近,其中12株来自不同地区的肯塔基沙门菌属于同一簇,提示可能存在肯塔基沙门菌的克隆传播。对20株阳性菌株进行接合试验,结果所有菌株均不能将rmtB/armA接合至大肠杆菌C600。选取1株代表性肯塔基沙门菌与3株印第安纳沙门菌进行PacBio测序,获得菌株的完整序列。结果发现肯塔基沙门菌包括rmtB在内的耐药基因均位于染色体上。肯塔基沙门菌LN19MCS9中rmtB基因位于一个67,566-bp大小的多重耐药区域（multiresistance region,MRR）,MRR的两端为两个同向插入的IS26,MRR插入到肯塔基染色体bcfG基因将其截断并产生8-bp的重复序列。对rmtB基因环境进一步分析,发现其上游依次为IS26和被IS26截断的包含β-内酰胺类耐药基因blaTEM-1的不完整的转座子Tn2,下游则是另一个拷贝的IS26。印第安纳沙门菌WH19MCS1不携带质粒,rmtB位于染色体上第一个MRR中。rmtB的侧翼序列与LN19MCS9中相似,只是上游的IS26方向相反。在YZ19MCS15中,armA基因位于染色体上,并存在于典型的 Tn1548（tnpD-armA-tnp U-ΔISCR1-sul1-ΔqacE）结构中。而 LN19MCS15 与YZ19MCS15中,rmtB基因分别位于质粒pYULNMCS 15和pYUYZMC 15-2上。pYULNMCS15具有IncHI2质粒的典型结构,包括复制区、先导区、接合转移区和MRR,但是该质粒缺失了部分与接合转移相关的基因;其中rmtB周围环境为IS26-ΔTn2（ΔblaTEM-1b）-rmtB-orf1-IS26,与 LN19MCS9 和 WH19MCS1 相比 Tn2 更短且包含的blaTEM-1b也被截断。质粒pYUYZMC15-2携带IncX1质粒的复制区域（ddp3-repX-pir）,但是缺乏包括接合转移区域在内的绝大部分IncX1质粒骨架结构,因此该质粒大小仅为 24,480 bp;其中 rmtB 周围结构为ISCfr1-ATn2（blaTEM-1b）-rmtB-orf1-ISCR1,Tn2 相比其它菌株缺少了tnpR基因。综上所述,rmtB是我国食品源沙门菌中主要流行的16S rRNA甲基化酶基因,ST198肯塔基沙门菌的克隆传播和IncHI2、IncX1质粒的水平传播共同介导rmtB基因在国内食品源沙门菌中的流行,armA的传播与Tn1548密切相关。