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本研究选用20个微卫星标记对上海X场、北京Y场2001年和2002年引进的H蛋鸡配套系祖代的各品系进行分析。通过计算遗传杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、NEI氏遗传距离、采用非加权类平均法聚类和品系分配方法等方法，分析了品系内和品系间的遗传变异。结果显示： 各微卫星标记均表现不同程度的多态性，观察杂合度在ADL136的0.057到LEI228的0.662之间变动；同一标记在不同品系的等位基因数不完全相同，如LEI94在YA2001中有2个等位基因，在YC2002中有4个等位基因；各位点等位基因数在2-6之间变动；等位基因数相同的标记其等位基因频率也是不同的，如ADL136在YA2001和YB2001中有2个等位基因，每个品系每个等位基因的基因频率分别是0.315、0.685、0.259和0.741。标记MCW183、MCW67、ADL181、LEI94和ADL176的等位基因具有不同程度的品系特异性(特定的等位基因只出现在特定的品系)。 各品系的平均多态信息含量在XA2002的0.320到YD2002的0.389之间，各品系的观察杂合度的分布范围在YB2002的0.298到YD2002的0.417之间。C、D系具有比A、B系高的杂合度，A、B、C、D四系的平均杂合度分别为0.327、0.318、0.335、0.372。计算各品系间的遗传距离和遗传相似系数，A、B两品系之间的遗传距离小于0.04，遗传相似系数大于0.95；C、D两品系之间的遗传距离为0.01-0.2，只有少数大于0.2，遗传相似系数为0.8左右；A、B与C、D的遗传距离大于0.3，遗传相似系数小于0.75。A、B与C、D能够明显分开。利用分配方法对品系间的相似性进行分析，最高的分配率达到95.6％。 结果发现该四系配套的蛋鸡生产体系实为三系配套，A、B应为一个品系，C、D应是两个不同的品系。A、B两品系间的遗传距离小于C、D两品系间的遗传距离。两祖代场两年引进的C、D系之间存有较大差异。 对用于品系鉴定的微卫星标记数目进行优化，最后选择杂合度高于平均杂合度的6个标记ADL172、ADL267、LEI194、MCW295、MCW34和LEI228即可达到品系鉴定的目的。