本研究缘起于对特别行政区制度的作用进行的思考,特别行政区制度在实现国家统一的进程中,从具体和总体两个层面影响着中国特色大国治理,并成为中国特色大国治理的重要创新机制。特别行政区制度对于中国特色大国治理的作用,既包括对思维模式、指导思想和治理方式的总体作用,也包括对某一方面和某一具体结构的具体作用。本文的结构共分为六部分：第一部分“导论”,提出本研究的问题意识和研究意义,在分析国内外研究现状的基础上,指明本文的研究路径与研究方法。第二部分回顾特别行政区制度的历史并提出了特别行政区制度的分析框架。特别行政区制度在历史变迁过程中实现了表现形式从政策到法律的转变,是一个动态的、发展的“制度有机体”；“二元结构”是特别行政区制度的构成,也是特别行政区制度的分析框架；特别行政区制度的功能由“国家统一”拓展到“社会融合”。第三部分概述治理理论,并分析了治理理论在特别行政区制度论域内的适用。同时以治理理论分析的特别行政区制度,提出特别行政区治理的概念。第四部分分析了特别行政区制度对中国特色大国治理结构的作用。特别行政区与地方政权单位、功能区均有诸多不同,丰富了我国的国家纵向权力结构；特别行政区制度与国家治理体制的各方面都有互动,对国家横向权力结构有一定影响；特别行政区制度强化了大国治理结构的“多体系”特征,并以法律的方式整合和统一“多体系”的中国特色大国治理结构。第五部分以特别行政区制度的四个断面为例探讨特别行政区制度下对中国特色大国治理模式的影响。基本法解释是中央处理与特别行政区关系的法治模式；一国内地区间协议是大国治理的合作模式；公民参与机制使得公民参与中国特色大国治理；授权管辖可以实现特别行政区制度的辐射作用。第六部分结合特别行政区制度的二元结构分析框架归纳了特别行政区制度对中国特色大国治理的作用机制,即总体作用和具体作用。在此基础上,提出中国特色大国治理在与特别行政区制度互动中走向“善治”。