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鄱阳湖位于长江中下游，江西省北部，是我国第一大淡水湖，它是一过水性、吞吐型湖泊。该湖北湖主湖区--老爷庙水域位于鄱阳湖盆地北部，为鄱阳湖入长江的咽喉要处，是江西省内河水运通往长江、长江水运进入江西的必经之道。该水域生态环境复杂，是研究鄱阳湖微生物多样性的理想场所。
本论文首次通过16SrDNA-RFLP的分子生物学方法直接从鄱阳湖老爷庙水域的贫水期水样和丰水期水样中提取总DNA，通过PCR扩增两个水样的16SrDNA，构建了16SrDNA文库，并且利用HaeⅢ和HinfI限制性内切酶对阳性克隆进行了RFLP分析。酶切结果进一步通过Biotools软件(Biological Tool Boxversion0.10)和Analytic Rarefaction(version1.3)分析，而后对每个分类单元的克隆子都进行了测序分析，将序列提交到国际分子生物学数据库(GenBank)进行Blast相似性比较，用MEGA(version4.0)软件构建系统发育树进行系统发育分析，结果表明：
1.从鄱阳湖老爷庙水域贫水期环境水样PYS-1的16SrDNA文库中随即挑选了96个克隆，通过菌落PCR技术筛选出了92个阳性克隆，其中共55个OTUs。在测序得到的这55个克隆的16SrDNA序列中，2条为嵌合序列。经过系统学分析，53条非嵌合序列分属于以下六大细菌类群：Alpha-proteobacteria(1.1％)、Beta-proteobacteria(63％)、Gamma-proteobacteria(9.8％)、Epsilon-proteobacteria(1.1％)、Actinobacteria(5.4％)、Bacteroidetes(6.5％)。另外，还有8条序列(10.9％)未确定所属类群(Unclassified)。
2.从郡阳湖老爷庙水域丰水期环境水样PYS-2的16SrDNA文库中随即挑选了96个克隆，通过菌落PCR技术筛选出了88个阳性克隆，共得到了44个OTUs，在测序得到的这44个克隆的16SrDNA序列中，无嵌合序列。经过系统学分析，44条非嵌合序列分属于以下八大细菌类群中：Alpha-proteobacteria(4.5％)、Beta-proteobacteria(11.4％)、Bacteroidetes(25％)、Gamma-proteobacteria(28.4％)、Actinobacteria(14.8％)、Chlorobi(4.5％)、Planctomycetes(2.3％)、Verrucomicrobia(1.4％)。另外，还有7条序列(7.95％)未确定所属类群(Unclassified)。
3.综合比较分析鄱阳湖老爷庙水域环境水样和其它淡水湖泊的细菌多样性，发现Proteobacteria类群的细菌在淡水湖泊中广为存在，并且以β-Proteobacteria为主要类群。表明β-Proteobacteria是不同环境淡水湖泊的广适类群。
4.综合比较分析了PYS-1和PYS-2两个16SrDNA文库的Blast相似性比较结果，发现老爷庙水域的丰水期水样的细菌群落多样性明显比贫水期水样更为丰富。
5.Blast结果和系统发育学分析表明：鄱阳湖水环境细菌群落受到了人类活动的影响。
总之，基于16SrDNA序列的非培养技术结合统计学分析研究，结果表明鄱阳湖水环境中具有丰富的细菌资源，值得进一步深入研究，为进一步认识鄱阳湖微生物群落结构和功能提供客观的依据。