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本文拟通过核糖体大亚基28S rDNA高度可变区序列、rDNA的内转录间隔区(ITS)和基因内间隔区(IGS)的序列差异分析及遗传变异比较,为紫菜的系统发育研究、种质资源调查、遗传多样性的保护以及品系培育和品种改良提供分子生物学依据。利用碱煮法提取微量模板DNA,对野生和栽培的条斑紫菜(Porphyra yezoensis)的5.8S rDNA和ITS区序列进行PCR扩增、测序和序列分析。序列分析结果表明,它们的5.8S rDNA和ITS序列基本上都是相一致的。其中ITS1长度为337-338bp,5.8S rDNA长度均为152bp。两者与GenBank中的P. yezoensis(DQ813581)的ITS1序列的相似性最高为99.7%。对来源于三个地理群的坛紫菜叶状体的ITS区序列也进行了序列分析,结果表明,三者的ITS序列基本上都是相一致的。其中ITS1序列长度为331-334bp,ITS2长度为673-681bp。三者与GenBank中的P. haitanensis (DQ662228)的ITS序列的同源性较高,为99.5%,但与GenBank中的其他紫菜种同源性均较低(50%左右)。运用克隆测序法,首次将rDNA基因间隔区(IGS)序列用于不同地理群坛紫菜种内亲缘关系的分析鉴定。对来源于三个地理群的坛紫菜叶状体进行了PCR扩增和序列分析。序列分析结果表明,测得的三个地理群坛紫菜的IGS部分序列为IGS基因3’端的ETS序列,长度为1085-1100bp,G+C含量为50.88-51.27%,总变异位点55个,占ETS序列的5%。序列的同源性与多序列比对的结果均显示,三个地理群的坛紫菜在IGS序列上存在明显的序列差异性。首次将28S rDNA用于不同紫菜种间亲缘关系的系统进化研究。对坛紫菜、条斑紫菜和半叶紫菜的28S rDNA部分序列进行PCR扩增和序列分析。结果表明, 3种紫菜的28S rDNA扩增序列长度为932-952bp,G+C含量为54.08-55.25%,保守位点为808个,变异位点为127个。不同地理群的紫菜种在28S rDNA序列的可变区存在明显的序列差异性,可将不同的紫菜种进行有效鉴别。研究发现,28S rDNA序列、IGS区序列在不同紫菜种间存在较大的差异,可以为紫菜的种质鉴定和系统发育研究提供重要的分子依据;而紫菜种内ITS区遗传变异很小,不适合作为紫菜种下水平的分类标记。基于IGS序列可将三种不同地理群的坛紫菜有效的进行鉴别,可作为我国坛紫菜品系鉴定的重要遗传学标记,也可为其他紫菜种种内遗传多样性的研究和分类鉴定提供强有力的工具。