目的:通过对先天性小耳畸形患者的残耳软骨和健侧耳软骨组织中miRNA测序结果进行分析,预测差异表达miRNAs的候选靶基因、转录因子和长链非编码RNA,构建综合调控网络,探讨关键miRNA、靶基因、转录因子、长链非编码RNA与先天性小耳畸形发病间的关系,为进一步明确病因提供新的研究思路。方法:分析小耳畸形残耳软骨与健侧耳软骨间miRNAs的差异表达谱,基于24个差异表达的miRNAs,预测靶基因、转录因子和长链非编码RNA,构建综合调控图并对关键节点进行生物信息学分析。结果:基于24个差异表达的miRNAs,共预测到154个靶基因,209个转录因子和22个长链非编码RNA。MiR-221/222-3p、maiR-320c、miR-3122、mniR-4521,靶基因 ZEB2、TRPS1、GNAI3、SHOC2、PDPK1,转录因子 EP300、STAT1、FOS、KMT2A、RNF2 和长链非编码RNA TUG1、间存在相互调节作用构成关键模块。MiR-221/222-3p可与靶基因TRPS1、ZEB2转录因子FOS、EP300、STAT1及lncRNA MIAT相互调控,靶基因ZEB2与转录因子STAT1在调控网络中作为关键节点可连接多个靶点构成综合调控网络。结论:初步建立了先天性小耳畸形综合调控网络,找到了表达异常的关键miRNAs、靶基因、转录因子和长链非编码RNA,为后期针对各个靶点的验证和基因功能的研究奠定了理论基础,利于进一步探讨关键靶点及其调控网络与先天性小耳畸形间的关系。