十七世纪的欧洲，理性主义思潮开始兴起，人们开始习惯用理性来审视周围的事物。这种理性主义的发展对传统基督教信仰提出了挑战，同时，它的发展也受到传统基督教信仰的阻碍，信仰与理性的矛盾开始激化。由于传统基督教信仰根深蒂固，理性一时很难撼动它的地位，因此，理性主义的发展受到很大制约。如何在这种困境中继续推进理性主义的发展，就成为当时许多启蒙思想家要着力解决的一个问题。面对这种情况，晚年的洛克集中思考了有关基督教的问题，试图解决理性主义与传统基督教信仰的对立，并重新思考基督教存在的意义与价值。　　为避免理性主义与基督教信仰的激烈对立，洛克要证明基督教的合理性，以此使二者的关系协调一致。为此，洛克对基督教义进行了重新考察与阐释。洛克对基督教思想的阐述避开了许多容易引起争议和具有神秘主义色彩的内容，着重强调了基督教思想中合乎理性的成分，并且突出了基督教在伦理道德方面的功用，这使得他的基督教思想具有一种理性主义和道德化的倾向。但是，洛克在强调理性的同时并没有否定信仰，他的基督教思想中也保留了一些不能被理性所把握的超理性的信仰因素。对于理性与信仰的关系，洛克没有用一方去否定另一方。他认为，信仰是超理性但是并不违背理性的东西，因此，信仰与理性并不是绝对对立的，理性与信仰能够实现共容。洛克的这种思想被称作是“理性的超自然主义”，他对基督教思想进行的理性化改造，对后来英国自然神论和欧洲理性宗教思潮的发展有着重要影响。