生物标志物对高效、安全的药物开发和改进临床实践、实现个体化医疗具有重要的应用价值。蛋白质微阵列具有高通量、平行性和低成本的特点，在生物标志物的发现、大样本的临床验证，尤其是寻找疾病多指标联合检测方面，有望为未来生物标志物研究发挥革命性的作用。然而，目前蛋白质微阵列技术的应用仍然较为局限，其技术本身仍有待进一步发展和完善。　　 本论文在对蛋白质微阵列关键技术环节研究的基础上，构建了基于琼脂糖包被玻片的夹心免疫抗体微阵列、竞争分析抗体微阵列以及核酸编程的蛋白质微列阵（NAPPA），并以卵巢癌为疾病模型，NAPPA为技术平台，探讨了蛋白质微阵列在生物标志物研究中的应用价值。　　 本研究所构建的基于琼脂糖包被玻片为载体的夹心免疫分析抗体微阵列，信号强度和抗原浓度之间有较好的线性关系（R2=0.99），检测的可重复性高（CV<10％），可以实现对靶抗原的定量分析；竞争分析抗体微阵列是本研究所构建一种全新的微阵列检测方法，不仅不需要对样品进行标记，而且不受抗体对来源的限制；将不同末端缺失基因、片段基因组合构建NAPPA，可以同时在芯片上表达并被相应的单克隆抗体正确识别；利用多腔室孵育槽，可以实现高通量的靶蛋白和临床标本检测；应用P53末端缺失和片段NAPPA微阵列，以卵巢癌为疾病模型，对血清自身抗体进行检测，发现11个针对P53片段蛋白的自身抗体在恶性上皮性卵巢癌和健康对照组有显著表达差异（p<0.05），且这些抗体与预后的改善相关。在良性卵巢肿瘤与恶性上皮肿瘤组，针对P53表位特性抗体的组合（AUC=0.86）与全长蛋白抗体相比（AUC=0.58）具有更高的诊断能力。　　 本研究成功构建了三种蛋白质微阵列，为未来生物标志物研究的不同阶段提供了多样化的技术平台；NAPPA在卵巢癌血清筛查中的应用，初步显示了蛋白质微阵列通过高通量靶蛋白和标本的检测在生物标志物研究中的重要应用价值；该技术的改进和自动化将可能加速生物标志物的发现和验证过程，最终实现其在实验室和临床的常规应用。