20世纪80年代以来频繁发生的倒闭等危机事件为全世界银行业敲响了警钟，如何建立和健全适合自身发展要求的内部控制体系成为每一家商业银行都必须面对的重要课题。　　我国农村金融体系改革的十几年，取得了丰硕的成果，形成了以农村信用社、农村合作银行、农村商业银行为主体，村镇银行为补充的农村银行业金融机构体系，在促进农村、农业经济发展，改善农村人口生活上发挥了不可替代的作用。农村银行业金融机构与国有及股份制商业银行相比，底子薄、经营困难多、迅速发展的愿望强烈。这就更要求农村银行业金融机构加大内部控制力度，建立一套适合自身特点和发展水平的内部控制制度，使内部控制为业务发展起到铺路、护航的作用。　　本文首先介绍了内部控制理论的发展和商业银行内部控制理论的主要内容。而后论述了我国商业银行内部控制制度的发展与我国商业银行内部控制的现状。在回顾了我国农村银行金融机构的发展历程后着重分析了现阶段内部控制存在几个突出的问题，并以COSO报告中内部控制五要素的结构给出了解决这些问题的途径和方法。对于村镇银行现阶段内部控制问题和对策，本文单独进行了阐述。