物种生境面积减小和破碎化是造成遗传多样性降低的主要原因,作为一门新兴学科,景观遗传学是景观生态学、种群遗传学和生物统计学的综合体,将三门学科紧密结合,在物种保护和管理方面具有巨大潜力,而景观遗传模拟的提出给这种研究提供了更大的保障。景观格局变化分析是研究保护区生态环境质量的重要参考和依据。分析这种变化造成的生态效应对物种多样性保护具有重要意义。本文通过2003年和2015年两幅盘锦双台河口保护区遥感图像,在GIS平台下,通过人工目视解译得到景观分类图像,根据景观格局指数分析,得出：从2003年到2015年,双台河口区域城建用地面积大幅增加,破碎化程度变大,农业用地也有小幅度的增加；而芦苇湿地景观面积则减小,破碎化呈加剧趋势。对2003和2015年两幅遥感图进行模拟分析,我们得出,2003年Ho和He相差较小,Fis统计量变化较小,数值较低,Mantel r值数值较小,因此保护区内生物遗传分化程度低,遗传多样性较高；而2015年,Ho和He相差较大,Fis值较高,Mantel r值也较高,表明物种遗传分化程度升高,遗传多样性下降。由于人为活动的不断加剧,城建用地的扩张,芦苇湿地面积不断减小,破碎化程度加大,导致生物遗传多样性的降低,要合理规划保护区建设,加大管理力度,使保护区湿地景观得到有效恢复。