犯罪数量激增,严重影响了社会秩序,智能化、隐蔽化、组织化的犯罪给侦查人员的破案带来压力,传统的侦查手段已经很难适应现代化的犯罪,但新的侦查手段,特别是秘密侦查,在打击犯罪与保障人权方面如何能达到平衡,是理论界的学者和实践中司法机关不断思索的问题。秘密侦查在及时发现犯罪、掌握证据、惩治犯罪上作用显著,但具体如何操作只能靠侦查人员不断摸索,常常出现侵犯当事人隐私权、通讯自由权等现象,可以说秘密侦查是一把“双刃剑”。新的《刑事诉讼法》已经明确规定了秘密侦查的两种主要手段,虽然是在技术侦查之外,但通过法律限制国家司法权力、保障人权,这是法治发展的必然。但我们要看到,法律仅仅几个法条就规定了秘密侦查,实践中公权力操作的空间很大,不利于私权利的保障,简单的授权性条款,背离了权力需要制约的原则,不符合现代法治的要求。笔者想通过研究国内外的理论,就秘密侦查详细探讨,以期对我国秘密侦查的理论有所裨益。基于此,笔者研究了秘密侦查的相关理论,从界定秘密侦查的内涵入手,详细介绍其性质,即行为的隐藏性、态度的主动性、极易侵权性、手段多样性。然后划分了秘密侦查的种类,即具体分析了隐匿身份侦查和控制下交付两大类。在秘密侦查之外的,那些与其相关的技术侦查、强制侦查、侦查秘密等概念在文中一一区分。秘密侦查的法理冲突在于,对隐私权、刑事司法伦理的干预,还存在巨大风险。针对秘密侦查的兴起,本文分别从古代和域外介绍了秘密侦查的立法背景：犯罪现代化、人权理念、监控机制和社会转型等方面,着重写了大陆法系和英美法系中比较典型的国家和地区关于秘密侦查的立法。相比之下,剖析我国秘密侦查在立法中确立之后,其运行的现状及存在的主要困境、问题产生的原因(思想观念和秘密侦查产生的特殊背景),进而得出秘密侦查程序规制的必要性,既是实现诉讼效率、维护治安的要求,又是保障公民合法私权利、达到程序正义的必然,更是与国际接轨,适应科技发展的趋势。文章的最后就如何完善秘密侦查在实践中的程序展开阐述,从秘密侦查适用的范围、对象、主体、条件、原则等提出设想,结合我国国情对实施秘密侦查时的程序作了具体要求,如期限、材料的记录、保存等,当实施不当违反程序时就需要对秘密侦查进行制约和规定救济机制,体现在审批监督、年度报告检查、赋予当事人异议权和非法证据排除规则,对违法侦查手段造成的损害给予相对人以赔偿的权利,依照《国家赔偿法》获得相应赔偿。