认罪认罚从宽制度是指被追诉者自愿如实供述犯罪事实,并表示愿意接受司法机关所做出的处罚,司法机关根据被追诉者的犯罪性质、情节以及认罪悔罪表现等因素作出从宽处罚的一项制度。认罪认罚从宽制度首要的价值追求应当是落实被追诉者的实体权利,诉讼效率的提高应当为从属性价值追求。本文运用实证分析方法,将认罪认罚从宽制度试点阶段与全面实施阶段的实施情况进行对比分析、总结,发现认罪认罚从宽制度实施过程中所出现的各种问题。而所出现问题的主要可以分为两个方面:一是被追诉者诉讼权利保障层面;二是刑事诉讼权力运行层面。例如,被追诉者是否应当享有上诉权,其违约行为是否应受惩罚等;认罪认罚案件的证明标准是否应当有所降低,以符合诉讼效率的价值追求。在刑事诉讼过程中,通过赋予被追诉者反悔权;审查被追诉者是否受到值班律师的有效辩护以及控辩协商过程是否真实且充分,来保障被追诉者认罪认罚的自愿性与真实性。通过将被害人纳入控辩协商的范畴,赋予其异议权;将认罪认罚从宽的全过程向社会公众公开;对于被追诉者事后认罪悔罪的态度予以监督。在明确被追诉者享有上诉权的前提下,对速裁程序中被追诉者上诉理由加以审查,从而构建二元制上诉机制。在实体法层面上,也应当将认罪认罚从宽作为基本原则,并应当明确规定认罪认罚后的从宽幅度。在扩大认罪认罚案件不起诉适用范围的同时,也要加强对于不起诉的监督,防止“花钱买刑”等问题的出现,避免认罪认罚从宽制度走向异化。