20世纪90年代以来,生命科学研究取得了突破性的进展,随着人类基因组计划的开展与现代生物技术的发展,人类积累的大量的生物信息数据为揭开生命奥秘提供了数据基础。因此生物信息学的研究对象不仅有大量的序列和基因,而且有越来越多的完整基因组。试图通过比较基因组中基因的排列顺序来研究物种间的系统进化关系已经成为生物信息学的一个重要研究方向。研究这种进化关系最终就是要建立一棵系统进化树。而建立系统发生树的关键就是先提出一种有效的算法计算两两基因组之间的距离。人们已经探索出了一些近似算法,但是,随着数据规模的不断扩大,基因组构造出的断点图越来越复杂,这些算法对基因组间距离的计算的误差就越大。所以,积极探索更加有效的基因组间距离的算法,已成为基于基因组重组去构建系统发生树这个研究领域中的重大课题,并受到越来越广泛的关注。本文给出计算两个具有相同内容不同次序的基因组之间距离的算法。给定一组内容相同次序不同的基因组,构造一个完全图,在完全图中查找一个基因组使得它与给定的各个基因组之间距离的累加和达到最小,这个问题可以转化为TSP问题。利用最小生成树方法找到一个中心基因组,接下来构造断点图,最后利用断点图来计算集合中的每一个基因组和中心基因组之间的距离。