村民自治组织作为人民公社制度解体后的替代组织出现,已经成为现阶段中国农村治理的主要方式。但是,在其实际运作过程中,基层党支部的直接领导依然在发挥重要作用,甚至在有些方面居于主导地位,从而引起村民委员会运作中难以避免的权力冲突。农村“两委”关系问题是村民自治后选举时期乡村治理中的一个凸显的现实问题。过往的相关研究主要包括工具性分析、理论性(因果关系)分析、实际变化与制度创新的需求等。不够深入,而且创新不足。　　 本文从二元权力结构的理论视野,利用第一手调查资料和前期研究成果,对农村“两委”关系问题进行经验性研究。　　 农村改革导致经济的多元化结构,并大大促进村民自治制度的发展,使传统的一元权力结构变为二元权力结构。实施村民选举后农村“两委”关系也产生了变化,即“两委”在职能上开始分开;村民与村干部的关系发生变化,由“服从-命令”的关系变为“选举-被选举”的政治合作关系;政治运行手段也发生了变化,由命令性的不计成本的政治动员变为包括利益驱动、说服教育等其他方式。　　 根据权力强度、权力资源控制及治理效果的不同,把当前大沥镇农村“两委”关系的类型划分为四种类型:协调型、一体型、包揽型(支部包揽、村委包揽)和对立型。　　 “两委”关系冲突的原因在于二元权力结构、制度规范性和行政权、自治权的冲突。本文认为,村民当家作主、“两委”与基层党委政府的思维方式转变、村“两委”团结合作、政府协调解决冲突等,是解决农村“两委”冲突的一般原则。建立配套制度体系,推行“一制三化”规范管理;加强对农村干部的培训和培养:进行选举机制的创新,完善“两推一选”和“两选联动”,是比较现实的可行之策。