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随着表达序列标签（Expression Sequence Tag，EST）数量的增加，从EST序列开发SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记已经成为一种十分高效的SSR分子标记开发途径，与传统的从基因组开发SSR分子标记相比，EST-SSR因其低成本、高转移性的优点备受研究者的青睐。落叶松是一种十分有价值的自然资源，但是由于其自身固有的一些生物学特性使得落叶松的研究严重滞后于其它植物。本研究在前期通过Solexa测序技术获得的落叶松转录组EST数据的基础上研究落叶松SSR位点分布特征，开发落叶松SSR分子标记并进行了验证，简单对其应用进行探讨，主要研究结果如下：
⑴经过转录组测序后得到约137677条无冗余EST序列，在这些序列中共检出1788个SSR位点，分布在1618条EST序列中，发生频率为1.18％。在这1618条EST序列中，1473条序列含单个SSR位点，124条含2个SSR位点，21条含3个或3个以上SSR位点，SSR位点平均长度为17.5 bp，平均分布距离为2.02kb。在所有SSR位点中完全型SSR位点共1720个，不完全型SSR位点25个，复合型SSR位点43个;三、六核苷酸重复类型SSR位点出现次数最多，共占总SSR位点的62.2‰其余依次是五、二、四核苷酸重复类型，分别占总SSR位点的21.6％、11.6％、4.6％;共出现658种重复基元，AT重复基元类型出现次数最多，其次依次是GCA/TGC、CAG/CTG、GA/TC、AAG/CTT重复基元类型。
⑵在对落叶松SSR位点分布特征研究基础上，利用Primer Premier5.0软件设计500对不同的EST-SSR引物，随机合成了102对，其中101对可以在日本落叶松中有效扩增。随机选择了34对不同的SSR引物，以五针松、白皮松、刺松、油松基因组DNA为模板，验证引物在松科其它种属中的通用性，电泳显示所有引物几乎都可以在四种样品中扩增成功，结果表明所设计的落叶松SSR引物在松科其它种属中具有很高的通用性。
⑶利用NTSYS2.0软件对七种不同落叶松亲本、杂交种进行了遗传多样性分析，结果表明七种不同落叶松亲本、杂交种的遗传相似系数（Jaccard系数）在0.44与0.82之间，进一步聚类分析，发现可以在相似系数0.69处将三种不同落叶松亲本、四种不同落叶松杂交种各自分开归为四个类群。通过遗传相似系数聚类，我们发现对于三种不同落叶松亲本来说“日草”与“日永”之间基因组差异最小，遗传相似系数约为0.71，“朝抚”落叶松和“日草”、“日永”落叶松相比差异较大;对于四种不同落叶松杂交子代来说，“日草×日宽”与“日草×日草”这两种落叶松基因组差异最小，遗传相似系数达到了0.81，“日永×朝抚”这种落叶松杂交子代和其他三组杂交子代相比基因组发生了较大的变化。这些结果表明根据不同的谱带进行分析，利用EST-SSR分子标记可以从多种水平上对落叶松开展遗传多样性研究。