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本文以中国重要淡水经济鱼类团头鲂(Megalobrama amblycephala)为实验材料,利用SRAP (sequence related amplified polymorphism)分子标记技术分析了梁子湖、鄱阳湖、淤泥湖团头鲂自然群体、“浦江1号”选育群体与岳阳养殖群体的遗传多样性及遗传分化,探讨了SRAP标记在梁子湖团头鲂家系鉴定中的适用性。主要研究结果如下：1、从88对引物组合中筛选出13个条带清晰、多态性丰富的引物组合,每对引物组合检测到的位点数为8-21个,在团头鲂3个自然群体、1个选育群体及1个养殖群体中共检测到172个位点,其中132个为多态位点。5个群体的Nei’s基因多样性(h)和Shannon’s信息指数(I)范围分别为0.0904-0.1849、0.1371-0.2799,群体的遗传多样性从大到小依次为鄱阳湖群体、梁子湖群体、岳阳群体、“浦江1号”群体、淤泥湖群体。2、淤泥湖和岳阳群体之间的遗传距离最大(0.2701),遗传相似度最小(0.7633)；鄱阳湖和梁子湖群体间的遗传距离最小(0.0866),遗传相似度最大(0.9170)。UPGMA聚类图显示：鄱阳湖和梁子湖2个群体聚为一支,“浦江1号”和岳阳群体聚为一支,淤泥湖群体单独聚为一支。3、AMOVA分析表明：群体的遗传多样性主要分布在群体间,群体间的遗传变异占55.49%,发生在群体内的遗传分化占44.51%。从成对固定指数FST值来看,5个群体间的遗传分化程度较高。自然群体与选育群体、养殖群体间的遗传分化十分明显,FST值在0.52606-0.68538之间。4、从240个引物组合中,筛选出10对能在团头鲂8个家系中表现出稳定的、较强多态性的引物,共检测到105个位点,其中72个表现为多态性,多态比率为68.57%。团头鲂8个家系的Nei’s基因多样性(h)大小范围在0.0514-0.1185之间,Shannon’s信息指数(I)大小范围在0.0747-0.1705之间。L36群体的遗传多样性参数最大,L9群体最小。群体间的遗传分化系数(GST)大小为0.6547,基于遗传分化系数估测家系间的基因流(Nm=0.2637)。群体变异的AMOVA分析显示67.25%的遗传变异发生在群体间(FST=0.67248,P<0.001)。5、基于Dice遗传相似系数对8个家系的所有子代及亲本的遗传关系进行UPGMA聚类分析,同一家系的子代个体全部聚在一起。选择0.886作为分类的标准衡量值时,所有的团头鲂个体分为6个组。因家系L30、L32、L37共有一个父本聚为一组,但家系L32与L37表现出与父本较疏远。除L36家系的父本无法鉴定出外,其余所有的家系均能鉴定出其亲本。通过比较L36家系F1代与5个疑似父本、8个疑似母本的遗传相似系数,发现L36家系F1代全部个体与其真正父本5、母本10之间的平均遗传相似系数最大,分别为0.8076、0.9066。基于遗传相似系数矩阵的主坐标分析(PCA)可以清晰地表现出所有个体间的差异,显示出与UPGMA聚类图相似的分类结果。