我国的天然林资源保护工程，是一项涉及生态、经济、社会等诸多领域，具有综合性、长期性和战略性的系统工程。自天然林资源保护工程实施以来，不但天然林资源得到有效保护，生态效益日趋显著，林业企业和林区各项事业的发展也受益匪浅。天保工程资金的巨额投入体现了国家对林业企业和林区发展的支持和扶持，然而，天然林资源保护工程资金的管理还存在着一些不容忽视的问题。进一步提高天然林资源保护工程资金管理水平，最大幅度提高财政资金使用效益是林业企业无法推脱的现实责任；实现这一目标的方法和途径也是今后林业企业管理当中必须认真研究的重要课题。　　本文首先从天然林资源保护工程资金管理的基本理论入手，探讨林业企业接受政府委托对天然林资源保护工程资金实施管理的理论框架。根据公共财政理论分析天然林资源保护工程由国家财政资金支持的必要性，根据新公共管理理论和委托—代理理论分析在天然林资源保护工程实施中林业企业同政府以及其他相关主体的关系，根据项目管理理论来说明林业企业实施天然林资源保护工程和进行资金管理时应用的管理学思想。在理论分析的同时，紧密联系实际，运用实证分析与规范分析相结合的方法，以天然林资源保护工程资金管理为研究对象，在简要介绍当前天然林资源保护工程及其资金管理的基础上，阐述了黑龙江省天然林资源保护工程资金管理当中存在的一些问题及其危害，深入分析了这些问题产生原因。通过上述的分析研究并结合黑龙江省的实际情况，从林业企业管理的角度，在同政府部门沟通、加强内部管理、建立外部监督体制等方面提供了思路，也为今后天然林资源保护工程资金管理和后续政策的制定提供借鉴和参考。