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衡量DNA和RNA表达变化的芯片技术是一种被用来平行分析大量基因的序列和功能信息的强有力的工具，被广泛用于基因表达谱分析，比较基因组学等方面。目前应用最广泛的是DNA表达谱芯片。通常表达谱芯片是将DNA固定在玻璃载体的固液表面，其DNA的动力学行为受多种因素影响，而杂交动力学行为影响的杂交效率是DNA动力学的主要方面，直接影响DNA芯片的信号强度。
本文推导出液相体系中DNA分子的杂交的理论模型。通过一组低密度芯片分别检测了不同浓度的探针和不同浓度的靶分子条件下的杂交信号强度值。结果显示探针和靶分子共同决定了杂交信号强度。在一定浓度范围内，杂交信号值随着DNA的浓度的升高而增强，这和理论模型是一致的。但是当DNA浓度增加到一定值时，信号强度不再增加，反而下降，这种下降在cDNA芯片中尤为明显。我们认为是玻璃载体和高浓度的DNA引入了空间位阻，这不但降低了探针的固定密度还影响了杂交效率。杂交效率的降低导致靶分子浓度升高时信号的压缩。但芯片内，由于Cy5和Cy3的ratio受到同等程度的压缩，所以Cy5/Cy3的ratio值仅由靶分子决定，与探针密度和类型无关。
对来自7例激素非依赖性前列腺癌(AI)，18例激素依赖性前列腺癌(androgen-deAD)和3例正常的前列腺组织进行cDNA表达谱芯片研究。筛选出在AD和AI样本中表达差异基因123条。其中在50％以上AD和AI样本中均表达的基因38条：相对于AD而言，在AI中低表达，表达差异2倍以上基因16条；在AI中高表达，表达差异2倍以上基因22条。显示AD和AI可能处于不同的病理进程。另外这些差异基因的功能显示和临床症状有一定相关性。