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蒙古绣线菊Spiraea mongolica Maxim.隶属于蔷薇科Rosaceae绣线菊属Spiraea L.，是青藏高原地区高山灌丛的主要建群种。本研究选取蒙古绣线菊19个居群261个个体为研究对象，利用磁珠富集法分离获得16个SSR多态性分子标记，从中选取8个SSR位点对青藏高原地区蒙古绣线菊进行谱系地理学研究。主要研究结果如下: (1)高山绣线菊基因组经限制性内切酶MseⅠ酶切后与接头连接，并与生物素标记SSR探针(AC)15和(AG)15杂交，然后通过链霉亲和素磁珠富集、洗脱、PCR扩增、克隆，完成微卫星文库构建。利用载体通用引物和探针序列引物进行PCR扩增，筛选重组克隆并测序，获得112条序列。随机挑选其中60条序列设计的引物在两种绣线菊中PCR扩增并检测其多态性，共获得16对可以用于蒙古绣线菊和高山绣线菊遗传多样性、物种进化与亲缘关系等方面研究的多态性SSR引物。 (2)从16对SSR引物中挑选出8对，对青藏高原及其毗邻地区的19个蒙古绣线菊居群进行遗传多样性分析，表明蒙古绣线菊遗传多样性水平较高。发现蒙古绣线菊遗传变异主要存在于居群内，这可能是蒙古绣线菊居群间较高的基因流引起的。而这种较高的基因流可能是由于种间渐渗引起。 (3)遗传结构分析表明，青藏高原及其毗邻山区的蒙古绣线菊居群分为两大支系，第一支系位于青藏高原青海省东北部及甘肃、陕西部分区域;第二支系位于念青唐古拉山和巴颜喀拉山之间的青藏高原青海省南部区域及四川部分区域。两大支系地理交融地带位于四川西北部高山峡谷区，处于盆地向高原过渡地带，从而形成了一种不同于高原和盆地的生境，最终形成了蒙古绣线菊现今的遗传分布格局。 (4)结合本研究组之前开展的蒙古绣线菊cpDNA研究结果，我们推测青藏高原地区分布的蒙古绣线菊可能存在多个独立的避难所。基于SSR位点研究揭示的蒙古绣线菊的遗传分布式样也证实了蒙古绣线菊在青藏高原地区不符合单避难所学说。但还存在着另外一种可能，即蒙古绣线菊分布范围不仅限与青藏高原周边，其冰期避难所可能并不处于我们研究的区域，也就是说蒙古绣线菊的冰期避难所处于其他区域，冰期结束后不同的避难所扩散后在此区域形成融合，从而形成了现今青藏高原居群的地理分布格局。