CRF01_AE是HIV-1第一个流行重组型毒株，起初被称为“E亚型”，主要是在泰国及其周边的东南亚和东亚国家流行。虽然根据HIV命名方案的提议，CRF01_AE中的“E亚型”片段在严格意义上应该被称为“U”，但是“E亚型”的命名因为历史原因而被保留了下来，以便用于指代CRF01_AE基因组中的非A亚型片段。CRF01_AE虽然起源于中非地区，并且也从刚果民主共和国二十世纪八十年代中期的样本中发现该HIV-1基因型，但是CRF01_AE是最早于1989年在泰国的女性性工作者中发现。　　中国经历了复杂的基因型多样性和地域性的HIV/AIDS的流行。为了更好的理解HIV-1 CRF01_AE在中国HIV流行及传播中的作用，我们对来自吉林省、广东省和广西壮族自治区的6条HIV-1 NFLGs通过系统进化分析和重组鉴定方法来研究由HIV-1 CRF01_AE组成的HIV-1独特重组型和流行重组型毒株的出现和传播，并追踪这些HIV-1重组型毒株中的CRF01_AE片段的亲本来源。为了研究HIV-1 CRF01_ AE在亚洲传播的时空动态，我们分析了334条HIV-1CRF01_ AE NFLGs，它们来自于全球9个国家，采样时间跨度为22年(1990-2011年)。我们使用系统进化分析、分子钟假设和贝叶斯合并理论来研究HIV-1CRF01_AE不同世系的起源时间和传播历史，并结合人口统计学数据和全国HIV分子流行病学调查来重建HIV-1 CRF01_AE的时间-空间传播过程。为了研究HIV-1 CRF01_AE主要亚簇的特征性位点，我们分析了2929条HIV-1 CRF01_AEgag基因区序列，它们来自于全球5个地区14个国家，采样时间跨度为23年（1990-2012年）。　　本研究在中国的吉林省、广东省和广西壮族自治区的异性性传播人群和男男同性性传播人群中共发现4个新型的HIV-1独特重组型和1个新型的HIV-1流行重组型毒株，它们是由HIV-1 CRF01_AE和其他HIV-1基因型（包括B、B、C和CRF07_BC）组成的。这些HIV-1独特重组型和流行重组型毒株中的CRF01_AE片段的亲本毒株来自于HIV-1 CRF01_AE的不同世系，包括泰国的HIV-1 CRF01_AE毒株和主要在中国北方地区男男同性性传播人群中流行的2个HIV-1 CRF01_AE世系。　　本研究共鉴定了10个HIV-1 CRF01_AE亚簇:第1、3、4、6、7和8亚簇来自于中国;第2亚簇来自于越南和中国;第5亚簇来自于泰国和中国;第9亚簇来自于泰国;第10亚簇来自于中非共和国和美国。这10个HIV-1 CRF01_AE亚簇分别被命名为HIV-1 CRF01_1AE-CRF01_10AE。同时，我们还提供了每个HIV-1 CRF01_AE亚簇的参考毒株的近全长基因组序列。　　Bayesian skyline plot分析结果表明HIV-1 CRF01_AE的扩散起始于1976年（1973-1978年），传入泰国的时间是1981年（1979-1982年），在泰国开始大流行的时间是1983年（1982-1984年）。值得注意的是，HIV-1 CRF01_AE至少经历了3次爆发式增长期和一次下降期。　　本研究分别发现了24个和27个HIV-1 CRF01_AE主要亚簇gag基因区特征性氨基酸位点和特征性氨基酸，其中，109K是HIV-1 CRF01_1AE和CRF01_2AE的共有特征性氨基酸位点和特征性氨基酸。本研究还分别发现了59个和71个HIV-1 CRF01_AE主要亚簇gag基因区特征性氨基酸密码子位点和特征性氨基酸密码子，其中87TGT和207GAA是HIV-1 CRF01_4AE和CRF01_5AE的共有特征性氨基酸密码子位点和特征性氨基酸密码子。　　综上所述，本研究发现了4个新型HIV-1独特重组型毒株和1个新型HIV-1流行重组型毒株，它们都是由HIV-1 CRF01_AE组成，并且都是在性传播人群中发现的。这些在性传播人群中出现的新型HIV-1重组型毒株强调HIV在性传播途径人群中的传播比既往献血人群和静脉吸毒人群中的传播更难以控制。本研究使用大规模的HIV-1 CRF01_AE NFLGs的研究结果表明在中国流行的HIV-1CRF01_AE的最近共同祖先株很可能来自于泰国。本研究阐明了HIV-1CRF01_AE的传播动态，这将对采取有效的干预措施具有重要的指导作用。