本文通过对中国云南、西藏、广东、湖北、河北等地区淡水有壳肉足虫(原生动物亚界，肉鞭门，肉足亚门，根足总纲)的分类与区系考察并参考前人的资料，鉴定有壳肉足虫300余种，系统地记述了新纪录15属70种及亚种，并详细地描述了砂壳虫一新种。在此基础上对有壳肉足虫的区系组成、生态特点和地理分布进行了较为深入的探讨，明确提出淡水有壳肉足虫分布存在地理分布格局，与气候和小生境密切相关的新观点。此外，还初步揭示了半圆表壳虫壳体的生物矿化机制。本文的主要研究结果和结论如下：　　 一、参照Bovee和Meisterfeld分类系统，总结出中国有壳肉足虫最新分类名录，共计45属328种，约占世界报道种数的1/5。其中包括本文中记述的70新纪录种及一新种(木兰砂壳虫Difflugia mulanensis nov. spec.)。为了进一步丰富中国有壳肉足虫研究的基础资料，对新纪录种和新种(叶足纲61种、丝足纲10种)进行了系统的描述，并附有手绘图和照片。　　 一、发展和建立了应用于有壳肉足虫的活体观察与扫描电镜并用的分类技术，结合形态统计特征分析深入研究了三种砂壳虫，包括瘤棘砂壳虫、琵琶砂壳虫和木兰砂壳虫。通过与相似种的比较进一步明确了每一种的鉴别特征，纠正了前人的一些误识，并指出它们的地理分布目前仅限于东亚地区。通过对大尖顶砂壳虫和泡利砂壳虫的扫描电镜观察，认为壳体有机胶结物模式具有种的特异性，可以区分相似种。　　 三、对横断山区南段有壳肉足虫区系进行了系统的调查，鉴定29属151种(新纪录39种)；分布广泛且占优势的种类依次为：鳐颌砂壳虫、针棘匣壳虫、球形砂壳虫、线条三足虫、斜口三足虫、半球法帽虫、巧砂壳虫、水生匣壳虫、旋匣壳虫和蚤砂壳虫；种数最多的属依次为：砂壳虫属(41种)、匣壳虫属(31种)、表壳虫属(18种)及鳞壳虫属(11种)。与其它地区相比，横断山区南段滇西北物种丰度较高，但是每个样品的有壳肉足虫种数相差甚大，提示有壳肉足虫物种丰度不仅与大环境(如地理区域)有关，而且与其小生境相关。　　 四、对云南九大高原湖泊(泸沽湖、程海、洱海、滇池、阳宗海、抚仙湖、星云湖、杞麓湖、异龙湖)有壳肉足虫区系和生物多样性进行了系统的摸底调查，鉴定21属94种(新纪录6种)；种数最多的属依次为：砂壳虫属(28种)、匣壳虫属(22种)、表壳虫属(12种)和鳞壳虫属(7种)；优势属依次为：匣壳虫属(42.0％)、砂壳虫属(21.4％)、表壳虫属(9.7％)及鳞壳虫属(8.2％)；发现云南高原湖泊淡水有壳肉足虫分布格局与湖泊所处水系及地理位置有关，同时受湖泊营养水平影响；比较分析显示，滇池和星云湖的富营养化导致有壳肉足虫物种丰度和多样性降低。　　 五、对西藏与滇西北地区有壳肉足虫地理分布分析，发现自西北向东南种数逐渐增多，且与最热月平均温度和年平均降水量显著正相关，与海拔显著负相关，优势种更迭分布；聚类分析表明有壳肉足虫存在地理分布格局，且与气候分区密切相关。据此，对淡水原生动物不存在地理分布格局的传统观点质疑，提出淡水有壳肉足虫分布存在地理分布格局，与气候和小生境密切相关的新观点。同时，阐述了有壳肉足虫作为单细胞生物在群落水平对环境变化，特别是气候变化的指示作用。最后，结合二叠纪以来两藏高原由海洋成为陆地后发生了三次上升和两次夷平，引起西藏地区气候水平分带变化的地质事件，推测，目前该地区有壳肉足虫区系的地理分布格局是在中更新世出现，晚更新世后进一步发展而来。　　 六、利用光镜和扫描电镜研究了半圆表壳虫壳体的生物矿化特征。结果显示：矿化前期壳体为无色透明且柔软易变形，中期为黄色较坚硬，后期为褐色坚硬。通过X-射线显微分析术鉴定不同矿化时期壳体的无机元素，结果表明，与矿化前期相比矿化中期和后期壳体中Si、Mn和Fe的比例增加，Cl、K、S和Na的比例减少。由此推测，1)表壳虫矿化过程中壳体坚硬的原凶是Si、Mn和Fe的比例增加导致，黄色是由微量Mn和Fe引起，褐色是高含量Mn与低含量Fe的反映；2)表壳虫壳体矿化以构成壳体的小泡为基本单位进行，Si、Mn和Fe矿化体以氧化物形式通过分子间相互作用力，与小泡壁上氨基酸或多肽的羟基作用，自组装合成。