农业生态系统对农业资源的有效利用、农业的可持续发展及人类的生存环境都有重要作用。目前对农业生态系统研究多偏重于农业生产效率与社会经济方面的投入,而忽略了系统内自然资源的投入。本文综合自然生态系统和社会经济系统的两个角度对农业生态系统进行研究,评价农业生态系统的自然生态水平、生产效率以及可持续发展水平,从而分析系统发展的可持续性,这将有助于政府对农业发展进行合理的规划和预测,科学制定相关政策与法规。本文运用能值理论与研究方法,结合文献综合法、调查法、比较研究法、定性分析与定量研究结合法,理论分析与实证分析相结合的方法分析了 1990年,2001-2011年南平市农业生态系统的投入产出状况,建立能值指标评价体系,从时间序列和区域比较角度,评价了系统的自然生态状况、生产效率与经济发展和可持续发展能力,并借助SPSS软件,采用因子分析法,对系统能值产出的影响因素进行分析。其主要结论如下:(1)总能值投入受可更新自然资源(R)能值投入影响最大,不可更新工业辅助能(F)影响不断加大;(2)农业产出不断增加,畜牧业逐渐占据主导地位,林业快速发展;(3)在系统的投入中,工业辅助能投入比重不断加大,现代化农业投入比重不断增加,并对系统农业产出发挥越来越重要的影响。但是,资源有效利用率不高,农业的现代化水平较低,系统经济发展水平不高;(4)系统的自然生态条件好,自给能力和系统稳定性强,可持续发展能力较佳,但应注重生产结构,稳定生产优势度。今后,为促进南平市农业可持续发展,应不断推进农业现代化,统筹兼顾高产高效和资源生态永续利用。