创新是引领发展的第一动力,要提高国家的综合创新能力,需支持企业的创新主体地位,充分发挥高新技术产业的创新引领作用。政府通过财政补贴、税收优惠等政策为高新技术企业研发活动提供支持,然而由于信息不对称、委托代理等问题,宏观经济政策对企业微观活动的影响难以窥见,且回顾以往文献发现学者们对政府补助与企业研发产出关系的研究结论存在分歧,那么政府补助究竟对高新技术企业研发产出的影响如何即是本文要研究的问题。通过回顾以往文献、梳理企业所获的政府补助明细、总结政府R&D补助政策,本文打开了政府R&D补助与企业研发产出的“黑箱”,将政府R&D补助细分为研发补贴、专利和知识产权补贴、成果转化补贴及税收优惠,且将企业研发产出分为知识生产、成果转化两阶段,选取2013-2018年高新技术上市公司的数据,运用最小二乘法系统评估各项补贴对企业不同阶段研发产出的政策效应。实证研究发现:(1)除税收优惠外,各项补贴与受其影响的企业研发产出均呈正相关关系,其中,研发补贴与企业各阶段研发产出基本呈正相关,而税收优惠仅与内研专利权、非专利技术金额及营业毛利率呈正相关,专利、知识产权补贴对专利申请量类型产出及营业毛利率产生显著正向影响,成果转化补贴与营业毛利率呈正向关系;(2)各项补贴对高新技术企业不同阶段研发产出的影响强度存在差异,如研发补贴对内研非专利技术金额及营业毛利率的激励作用更显著;专利与知识产权补贴对专利申请量、营业毛利率的激励作用更强等;(3)通过分产权性质、规模、行业研究发现,虽然国有企业、大企业、制造业等获取的补助较多,但并未使发明专利申请量及内研非专利技术等“含金量”较高的产出产生明显增长。本文认为,政府在制定补助政策时应依据补助目标对各项补贴进行灵活运用,应针对性改进各项补贴的监管措施,并基于产权性质、规模及行业优化资源配置。