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遗传多样性是指种群内不同群体或同一群体内不同个体的遗传变异的总和,是保护生物学研究的核心之一。ISSR分子标记技术可以快速、高效和灵敏地检测出基因组DNA的多态性,是研究遗传多样性的较好方法之一。本文以河南省境内黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）和鲇（Silurus asotus）的自然居群为研究对象,标本分别采于淇河、信阳南湾水库和丹江口水库,利用ISSR分子标记技术对其遗传多样性和遗传结构进行分析,旨在为其资源保护与开发利用提供理论依据和数据参考。用4种方法对保存于95%乙醇的黄颡鱼和鲇的肌肉组织样本进行预处理,比较其基因组DNA的提取效果。结果表明,用STE缓冲液预处理的样品,基因组DNA条带清晰、整齐,无降解现象,A260/A280值正常,在1.82.0之间,DNA完整性较好,是提取乙醇保存的肌肉组织DNA前较为理想的预处理方法。利用文献法,参考同种和近缘物种,初选引物,再通过实验筛选,最后确定ISSR标记用于分析黄颡鱼和鲇遗传多样性的共用引物15个。利用正交设计,优化了黄颡鱼和鲇的ISSR-PCR反应体系,即25μL最佳的反应体系为:模板DNA量45ng,Mg2+浓度1.5mmol/L,dNTPs浓度0.4mmol/L,引物浓度0.4μmol/L,TaqDNA聚合酶0.5U。其PCR最佳扩增程序为:预变性95℃5min;变性94℃30s,复性4560℃40s,延伸72℃90s,终延伸72℃5min,最佳循环40次。15个ISSR引物在3个黄颡鱼自然居群中共扩增出128个位点,多态性条带数为54条,多态位点比例42.19%;3个居群的遗传多样性参数分别是:多态位点比例（PPB）为28.91%、27.34%和28.91%,观测等位基因数（Na）为1.2891、1.2734和1.2891,有效等位基因数（Ne）为1.1795、1.1758和1.1985,Nei’s基因多样度（h）为0.1032、0.1022和0.1130,Shannon’s信息指数（I）为0.1536、0.1515和0.1657。以上数据表明,3个黄颡鱼自然居群的遗传多样性保持在较高水平,其遗传多样性水平依次为:丹江口水库居群>淇河居群>信阳南湾水库居群。基于Nei’s基因多样指数,利用POPGENE计算得到总居群遗传分化系数Gst为0.3510,说明总居群分化程度极高。基于Shannon’s信息指数分析3个居群的遗传变异,居群间的变异为34.03%,居群内变异为65.97%,说明居群内和居群间都发生了较大的遗传变异,但更多变异的变异发生在居群内。总居群基因流Nm为0.9247,基因流水平较低,说明河南省黄颡鱼3个居群间遗传分化程度高,这可能是由遗传漂变导致,也可能是自然选择的作用超过了基因交流,从而发生了较大的遗传分化。3个鲇自然居群共扩增出130个位点,多态位点59个,多态位点比例45.38%。各居群的多态位点比例（PPB）分别是39.23%、40.00%和34.62%,Na值为1.3923、1.4000、1.3462,Ne值为1.3232、1.3034、1.2667,Nei’s基因多样度（h）为0.1742、0.1669、0.1465,Shannon’s信息指数（I）为0.2487、0.2411、0.2112。3个鲇自然居群的遗传多样性水平较高,其中,南湾水库居群>淇河居群>丹江口水库居群。以Nei’s基因多样度为基础,根据POPGENE软件得到遗传变异分析结果,总居群的遗传分化系数Gst为0.1820,说明总居群分化程度较高。基于Shannon’s信息指数分析3个居群的遗传变异,82.73%存在于居群内,仅17.27%存在于居群间,遗传变异主要发生在居群内。总居群基因流Nm为2.2470,基因流水平高,说明3个鲇居群间的遗传分化程度较小。这可能是居群间基因流产生的融合作用,也可能是选择压力相同造成的。