本论文主要运用原子力显微镜(AFM)研究了三种具类似苯环结构的小分子药物作用于环状双链质粒DNA分子(DNA实验浓度均为0.4 ng／μL)所引起的DNA结构构象的变化。　　 1、经典的抗肿瘤药物——长春新碱。经观察,药物浓度为10-7M时,DNA分子缠绕形成螺旋圈；药物浓度增加到10-6M,DNA链被切割成片段,再增加至10-5M时,切断的DNA片段长度减小,通过相关文献可知长春新碱通过嵌入DNA双螺旋结构的邻近碱基对之间与DNA发生作用。但当长春新碱浓度达到10-4M时,DNA结构与未用药物作用时基本一致,我们认为是由于药物浓度过高,化学结构改变,而不与DNA发生作用。　　 2、常用消炎药物——阿司匹林。经观察药物浓度从10-7M升至10-4M的过程中,DNA缠绕收缩,且缠绕程度不断加剧直至呈现棒状或细丝状形态,甚至断裂。通过相关文献可知,阿司匹林通过大沟或小沟的碱基对边缘作用叠加在DNA链上,使DNA链的某些部位变构,空间自由度受限而缠绕,与实验保持一致。　　 3、神经抑制剂——5-羟色胺。经观察,低浓度(10-7M)5-羟色胺作用于DNA分子,DNA链变构缠绕。随药物浓度升高为10-6M,10-5M,甚至10-4M时,DNA缠绕程度增强,甚至缠绕成粗棒。同时,运用聚合酶链反应研究了5-羟色胺对DNA生理功能的影响,以此综合分析其对DNA结构和功能上的影响。　　 本文不仅分析了多种药物与DNA相互作用的不同机制,还表明了在研究药物与DNA相互作用时原子力显微镜是一种实用直观的工具,可用于更多的药物优化研究与筛选,在临床上具一定意义。