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本文以鄱阳湖区吴城为中心的周围水域为研究对象，对蚌湖、沙湖、大湖池、赣江、修河进行微生物检测以及细菌学评价。其中蚌湖面积最大、自然状态保持良好、候鸟聚集，是鄱阳湖候鸟保护区的核心区域。本文着重研究了蚌湖水体的细菌多样性、环境因子的季节变化特征，探讨了细菌学指标之间的相关性、细菌学指标与环境因子之间的相关性。研究结果表明：（1）蚌湖平水期时水体的细菌包括了β-变形菌门、-变形菌门、γ-变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和3个可能属于新类群的基因型。其中这几种已知细菌类群所占的比列分别为56.3%、6.3%、7.5%、13.8%、11.3%。（2）建立的细菌基因文库中的基因序列大部分与Genbank数据库中的16SrDNA的已知基因序列相似性≥97%，说明蚌湖水体中的细菌种类分布广泛，大部分都已经在其它环境样品中被发现。（3）五大水系细菌学评价：污染程度：蚌湖＞沙湖＞大湖池＞修河＞赣江；五大水系均符合二级水源的要求；蚌湖的粪便污染主要来源是人类，沙湖、大湖池、修河、赣江的粪便污染来源主要是人类污染的混合污染；蚌湖、沙湖、大湖池检测出致病菌。（4）菌落总数与总大肠菌群、肠球菌之间均呈正相关且相关非常显著（P＜0.01）、与粪大肠菌群呈正相关且相关显著（P＜0.05）。总大肠菌群与肠球菌呈正相关且相关非常显著（P＜0.01）。四种指示菌与三种常见致病菌均呈正相关，菌落总数、肠球菌对三种致病菌有很好的指示作用（P＜0.01），总大肠菌群对沙门氏菌有较好的指示作用（P＜0.05）。（5）菌落总数、总大肠菌群、pH、COD、TP、TN、NH4+-N、NO3--N在不同时期的检出范围分别是：3.6×102～7×104cfu/mL、2.1×103～1.4×105cfu/100mL、6.0～9.0、12.48～23.96mg/L、0.07～0.115mg/L、1.28～3.78mg/L、0.256～0.561mg/L、0.085～0.291mg/L。同时，季节变化对各指标的影响程度表现出枯水期＞平水期＞丰水期。（6）在不同季节，菌落总数、总大肠菌群均与6种环境因子呈正相关。且菌落总数与COD相关非常显著（P＜0.01）；与TP、TN、NH4+-N相关显著（P＜0.05）；与pH、NO3--N相关不明显。总大肠菌群与COD、TP、NH4+-N相关非常显著（P＜0.01）；与pH、TN、NO3--N相关显著（P＜0.05）。可见，水体中微生物与境因子的相互影响与关系相当复杂，应从多方面研究才能更好地探讨细菌学指标与环境因子之间的关系。通过对蚌湖水体细菌多样性、细菌学指标、环境因子及其它们之间的相关性研究，为研究制定湖泊水质中细菌卫生学指标、水质评价提供了科学依据。