改革开放30年来,我国经济与社会建设取得巨大成就,但也伴生了资源的透支和环境的恶化,特别是水环境日趋恶化已成为我国经济发展的最大障碍。跨界水污染问题给资源环境有效配置、地区经济可持续发展、上下游地方政府及人民之间矛盾解决及社会稳定等问题提出了严峻挑战。本文以汾江河水环境综合治理为例,结合国内跨界水资源管理经验,揭示以往处理跨界河流治理工作中存在着法规不健全、政府协作不畅顺等所引起的无法可依、处理方式不够多样化、处理程序非制度化、处理效率过低、处理成本过高、处理收益不显著等缺陷,研究适合我国国情的跨界水污染治理管理机制。研究发现,当前中国跨界水污染治理面临的最主要问题,是流域管理与行政区域管理间的矛盾。解决跨界水污染治理较为可行的方案是:保持以条块结合的政府层级结构基础上的管理体制,通过跨行政区域政府间协作来协调当前管理体制中流域及区域中不同部门、不同层级间的矛盾,使政府从博弈中选择合作,取得双赢或多赢。