军事医学研究所是研究解决军队平战时，特别是现代高技术条件下局部战争的医学保障问题，为维护部队指战员身体健康，巩固和增强部队战斗力服务。军事医学研究所绩效评估，有利于提高研究所科研质量，有利于提高研究所科研管理水平，有利于加强研究所自身全面建设，为军队科研主管部门在科研资源配置、科技体制改革提供依据。但如何科学衡量其科研绩效，始终是科研管理研究的热点和难点。 本文在对国内外科研绩效评估、科研机构绩效评估、数据包络分析(DEA>及其在科研机构的应用研究文献回顾与理论探讨的基础上，针对军事医学研究所的特点，构建了军事医学研究所研究室科研绩效评价指标体系，并建立了研究室投入产出效率评估的DEA分析模型，以海军医学研究所为例进行实际评价。 研究结果表明，军事医学研究所科研绩效评价指标体系是指标设置科学合理的，符合军事医学研究所的实际，指标权重赋值协调性较好。基于DEA模型的军事医学研究所投入产出效率评估是非常有效的，能根据研究室的产出效益作出评价，并为研究所资源配置的合理性、资源利用的有效程度分析提供依据。