我们利用四套cDNA数据分析对应同一条Unigene的多个探针的检测值之间的相关性,发现更新探针注释数据后的重复检测值之间的低相关比例减少,高相关比例显著提高;重复点样探针之间的相关性高于其它重复检测值,但是仍有很多低相关。有研究证实在一个特定组织中只有50％-60％的基因是表达的,因此我们推测不表达和低表达的基因是造成很多低相关的原因。在本论文的第二部分,我们以基因表达改变的方向作为测度来分析在癌基因表达改变的一致性。结果显示:在癌转录组中表达的基因发生了广泛的及方向特定的表达改变。由于基因的广泛差异表达,不同的癌型可能会共有许多差异基因,而这些基因改变的方向的异同为探索不同癌型共享和特异的机制提供了重要的信息。由于基因表达水平和组织特异性与基因的保守性相关,我们还比较了不同癌型间差异改变方向相同和不同的两组基因在序列保守性和表达保守性上的区别,结果显示这两组基因的序列保守性和表达保守性存在差别。