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细菌是微食物网的重要组成部分，它对水生态系统的碳和其他营养物质的循环起着重要的作用，细菌能够分解水中的有机碎屑和溶解性有机质，其自身又是微型原生动物的主要食物源，其中异养鞭毛虫是细菌的主要捕食者。本研究调查了太湖细菌、鞭毛虫丰度的时空分布以及异养鞭毛虫对细菌捕食压力，并进行了相关的室内实验，研究结果表明：
(1)太湖是一个典型的浅水富营养化湖泊，其细菌和鞭毛虫丰度均相对较高，年平均值分别为1.43×107个/ml(0.2-4.69×107个/ml)和6.70×104个/ml(0.72-21.2×104个/ml)。细菌和鞭毛虫的季节分布都是夏季最高，春、秋季次之，冬季最低。在空间分布上，营养水平越高的湖区细菌和鞭毛虫丰度越高，但鞭毛虫的分布差异没有细菌显著。太湖鞭毛虫与细菌丰度显著相关，鞭毛虫对细菌的捕食作用是细菌生物量的重要影响因素。
(2)用稀释法测得太湖异养鞭毛虫对细菌的捕食率为3.08±0.26/天(变化范围：1.77-4.90/天)，捕食压力为28.79μgC/L·h(变化范围：7.54-67.99μgC/L·h)，高于国外在其它水域中的相关研究结果。太湖不同湖区异养鞭毛虫对细菌的捕食作用存在差异，富营养化程度较高的湖区异养鞭毛虫对细菌的捕食压力越大；温度最高的8月捕食率高于其他月份。
(3)太湖捕食细菌的微型原生动物(＜32μm)对细菌的捕食作用远大于海洋环境，其中主要以16μm以下的异养鞭毛虫为主；捕食作用明显抑制了细菌的生长，对细菌的生物量有很大的影响；温度是捕食作用的重要影响因子，随着温度的升高，捕食速率和细菌生长速率都明显提高。