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本文对快速多重序列局部对齐算法开发及其应用进行了研究。文章根据分子进化分析的基本原理，采用启发式算法，用先通过多序列间两两局部比对，再以此为基础进行多重对齐的策略，开发了快速多重序列局部比对工具软件。利用开发的快速多重序列局部对齐算法，构建快速进化树构建分析系统。并为上述的两个分析系统构建界面友好的WWW服务平台，以方便有需要的研究人员应用它们。在开发过程中，系统整合许多已有的研究成果和代码，软件资源(包括Blast，Phylip等)，节省了人力物力和时间。最后利用构建的进化树构建分析平台，重建了23种杆状病毒的系统发育树。该系统进化树的结果和以前采用传统方法所获得的结果具有高度一致性。