高校制定规章制度，是为了结合学校实际情况，更好地贯彻执行法律、法规和行政规章，在高校管理权限范围内，制定的保证学校运行的具体性和执行性的内部规则。高校规章制度不是法律法规，也不是行政规章和地方法规，但是，普通高校基于法律法规和教育行政部门的授权，在管理过程中的制度制定活动，应视为一种准抽象行政行为，属于“其他规范性文件”的范畴。这就要求高校规章制度的内容不得与国家法律法规和规章相抵触。另外，在制度制定的程序上也必须正当合法，制度体系完备统一，制度形式规范科学。 随着高校法律纠纷的大量出现，人民法院对学校规章制度的司法审查已多有判例，高校规章制度面临严峻的挑战。 目前，我国普通高校在规章制度建设中存在的主要问题，表现在章程缺失、规章制度的体系不完善、规章制度同法律法规相抵触、规章制度制定程序不规范正当、规章制度的形式不够规范科学、规章制度的内容不够公平合理等方面。 本文从我国高等教育的立法现状和高校制度建设中存在的问题出发，在分析高校内部制度的法律性质、高校办学自主权和规章制度的司法审查的基础上，论证了法律优位和法律保留、正当程序、权利本位、依法治校等理论问题在制度建设中的意义与应用。 文章重点分析了高校规章制度的合法性保障问题。一是决策者思想认识要到位，要树立法治观念，依法治校。二是体系要完备科学。要解决主体统一的问题。学校是独立法人单位，学校的各职能部门和院系不具有独立法人资格，没有制定学校规章制度的权力，规章制度要有学校统一制定并以学校的名义发布，否则就会出现主体不统一、层次混乱的问题；要完备制度制定的制度。制度建设必须克服随意性、临时性的问题，任何制度的制定都要按照制度来进行，即单位必须首先要有制定制度的制度；纲领性、指导性的制度不能缺失。大学章程规定的是高等学校最重要的制度和原则，尤其要依法制定好大学章程，统领大学各方面的规章制度；要在规章制度中完善责任追究和权利救济的内容。三是内容合法合理。要保证高校规章制度建设的合法性、合理性，应该坚持法律优位原则、法律保留原则和规范自由裁量权原则。四是程序正当合法。法定程序原则是《立法法》规定在立法时必须遵守的原则，高校在制定规章制度时也不例外。高校规章制度的制定必须切实做到程序公开和民主参与。五是形式规范科学。六是组织机构健全。