全球变暖已成为一个热点问题，甲烷是对大气的增温作用仅次于二氧化碳的一种重要温室气体。我国水稻种植面积大，总产量世界第一，对我国的粮食生产起到了重要作用，但稻田也是温室气体重要的甲烷排放源。秸杆还田和水分管理是稻田管理的基本要素，对稻田甲烷排放有一定的影响，微生物是甲烷产生和氧化的源，研究我国甲烷排放的微生物机制对于稻田甲烷减排具有重要意义。本文通过不同的处理:淹灌(F)，中期晒田(FDF)，天灌(RF)，翻耕+淹灌(SI+F)，翻耕+中期晒田(SI+FDF)，翻耕+天灌(SI+RF)，覆盖+淹灌(SM+F)，覆盖+中期晒田(SM+FDF)，覆盖+天灌(SM+RF);采用分子生物学方法，如实时荧光定量(qPCR)、T-RFLP等技术，研究了水稻田不同处理下不同基因的丰度和群落结构变化规律，主要结果如下:　　1)水稻移栽后不久，甲烷排放达到高峰，随后甲烷排放量逐渐降低且趋于平稳，晚稻甲烷排放主要集中在生长的前期，中后期甲烷排放量很少。　　2)秸秆还田方式和水分管理对稻田甲烷的排放有不同的影响，与秸秆覆盖还田相比，秸秆翻耕还田能够增加稻田甲烷的排放。秸秆还田时间的早晚对稻田甲烷的排放高峰出现时间早晚有一定的影响。　　3)不同的水分管理中，细菌、古菌和甲烷氧化菌在处理RF中的丰度较高。不同基因在不同处理中的基因丰度不同，古菌在处理SI+RF中基因丰度最高;甲烷氧化菌在处理SI+FDF中的基因丰度最高。分蘖期与开花期相比，mcrA基因在分蘖期的基因丰度相对较高。　　4)本研究中，细菌的基因片段较多，结构复杂，古菌、产甲烷菌和甲烷氧化菌的群落组成中存在优势种群，且环境的变化对优势种群的影响较小。同时也表明水分管理和秸杆还田对细菌和古菌的基因群落组成有影响。