花椒,为我国重要药用和经济树种,其果皮为辛香料原料。目前花椒市场存在品种繁多混杂和种质来源不清等的问题。本研究运用转录组高通量测序技术对花椒进行测序分析,以获得的大量EST序列信息和SSR位点信息核心进行EST-SSR引物筛选,利用筛选得到的引物对收集到的125份花椒属植物的遗传多样性和亲缘关系进行研究,以期为今后花椒属的鉴定和遗传多样性分析提供参考。主要研究结果如下:(1)花椒和竹叶花椒转录组测序后,每个样本测序产生的序列条数(clean reads)均超过0.3亿条,共产生超过2.58亿条序列;每个样本碱基数(clean bases)均大于4 G,总碱基数达到38.76 G,测序准确率Q20均超过95%,Q30超过90%。在对原始数据进行质控后,共有超过2.45亿条高质量序列。同时,产生了36.76 G的高质量测序数据(clean data),平均Q20准确率均超过97%,Q30准确率超过93%。(2)花椒Unigene共有64,944条,碱基对长度共54,073,890 bp,共发现12,746个SSR位点,分布在10,595条Unigene中,发生频率为16.31%,平均4.24 kb有一个SSR位点。竹叶花椒中Unigene共75,669条,碱基对长度58,975,053 bp,共发现15,096个SSR位点,分布在12,612条Unigene中,发生频率为16.67%,平均3.91 kb有一个SSR位点。(3)筛选得到26对具有较高多态性的EST-SSR引物,其中,基于花椒筛选出12对,竹叶花椒14对。(4)选取6对EST-SSR引物,对125份采自全国各地的花椒属植物进行了亲缘关系和遗传多样性鉴定,结果显示6对引物能明显区分开125份样本中的花椒和竹叶花椒,种间区分明显,但对花椒和竹叶花椒种内的区分不明显。综上所述,花椒和竹叶花椒种间遗传分化明显;花椒属植物种内遗传多样性不大,无明显地域性区别。