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DNA甲基化是在DNA甲基转移酶的催化下，将S-硫代腺苷甲硫氨酸中的甲基基团转移到胞嘧啶的第五个碳原子上，使DNA分子中碱基结合甲基的过程。DNA甲基化在基因表达、X染色体的失活、遗传印记、细胞分化、染色质结构维持、胚胎发育、癌症的发生和胚胎发育中扮演着重要角色。DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，其功能主要是通过基因表达抑制来实现。显著的甲基化水平差异已经在不同组织中发现，并且在相同组织具有不同的功能。很多研究表明不同的甲基化水平可能与组织特异性转录和某些性状有关，并且对正常的分化和发育以及一些性状起到至关重要的作用。肉质性状是个复杂的性状，由多基因控制，因此控制肉质性状基因的甲基化水平的改变必然影响其表达，进而对肉质性状产生效应。DNA甲基化水平受到品种、性别、年龄、环境、饲养管理水平等诸多因素的影响，并且在时间和空间上存在差异表达。本研究采用荧光标记的甲基化敏感性扩增多态性技术对汶上芦花鸡9种组织基因组DNA甲基化水平进行了检测，共计检测到19,795个片段，其中非甲基化片段8,935个；半甲基化片段5,668个，全甲基化片段5,192个。半甲基化比率胸肌显著高于其他组织（P<0.05），全甲基化比率肺脏极显著高于其他组织（P<0.01），甲基化比率胸肌和肺脏显著高于其他组织（P<0.05）。利用所建立的F-MSAP方法检测了汶上芦花鸡、仙居三黄鸡和淮北麻鸡胸肌组织基因组DNA甲基化水平，并与肉质性状进行相关性分析。半甲基化比率3个品种间差异不显著（P>0.05）；全甲基化比率仙居三黄鸡极显著高于淮北麻鸡，淮北麻鸡又极显著高于汶上芦花鸡（P<0.01）；甲基化比率仙居三黄鸡极显著高于淮北麻鸡和汶上芦花鸡（P<0.01），而淮北麻鸡和汶上芦花鸡差异不显著（P>0.05）。基因组DNA甲基化水平与肉质性状相关性分析结果表明，甲基化水平与汶上芦花鸡肌纤维密度和剪切力相关性差异极显著（P<0.01），与仙居三黄鸡肌纤维密度和滴水损失相关性差异极显著（P<0.01），与淮北麻鸡滴水损失相关性差异显著（P<0.05），甲基化水平与三个品种的其他肉质性状相关性差异不显著。最后对甲基化差异基因FABP4mRNA表达水平与汶上芦花鸡肉质性状相关性进行了分析，结果表明甲基化差异基因FABP4mRNA表达水平与汶上芦花鸡剪切力相关性差异显著（P<0.05），而与其它肉质性状相关性差异不显著（P>0.05）。