本研究利用PCR和测序技术测定了18个黄牛品种187个个体的线粒体D-loop区段的全序列,包括17个中国地方黄牛品种(5个北方品种,9个南方品种,和3个西藏品种)的185个个体和德国黄牛2个个体,并进行了母系起源进化分析。获得如下结果:1.中国18个黄牛品种186个个体mtDNA D-loop区全序列长度为909 bp～913 bp(一个牦牛序列长度为893 bp),A+T平均含量为61.5%,G+C平均含量为38.5%。2.我国18个黄牛品种187个样品的D-loop单倍型有97种,其中62种普通牛单倍型,34种瘤牛单倍型以及一个牦牛类型单倍型。共产生了110个多态位点,其中普通牛和瘤牛群体内的变异位点分别为75个和43个。3.18个黄牛品种平均单倍型多样度(average haplotype diversity, Hd)为0.926±0.016,平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences, k)为23.116,核苷酸多样度(nucleotide diversity,π)为0.02560±0.00034,表明中国黄牛品种遗传多样性丰富。4.根据mtDNA单倍型的系统发育分析和网络分析表明,中国黄牛主要存在普通牛和瘤牛两大母系起源,出现的频率分别为54.55%和45.45%;同时还发现了一个牦牛类型的CladeⅢ。5.通过对NJ树上独立于普通牛和瘤牛支系之外一个特异支系的分析,发现中国西藏黄牛品种中存在牦牛血液,这是典型的母系遗传渗入现象。6.中国西藏地区的黄牛中不仅仅是普通牛类型,而且瘤牛类型序列所占的比例相当大;普通牛和瘤牛在日喀则驼峰牛中占的比例分别是64.3%和35.7%,在阿沛甲咂牛中占的比例分别是50.0%和50.0%,充分证明了西藏地区瘤牛类型黄牛的存在。西藏瘤牛主要分布在I2和I1的SH2中,在中国瘤牛中是一个非常独特的隔离类型。云南高峰牛的瘤牛与西藏瘤牛单倍型分布的情况一样,且有单倍型在I2中重合,这证明了与其它中国瘤牛相比,云南高峰瘤牛和西藏瘤牛型黄牛具有相同或相似的起源历史和迁移起源地。西藏黄牛中没有发现T2类型,这也与云南昭通牛的情况是一样的。7.对瘤牛单倍型网络分析表明,中国的瘤牛主要存在两大类群I1和I2。而I1内部又可以分成了两个亚群SH1和SH2。中国瘤牛主要集中分布在I1中,只有两个单倍型分布在I2。8.中国普通牛血统的单倍型类型分为3个支系:支系T2、支系T3、支系T4。其中欧洲起源支系T3在中国黄牛中占绝大多数为81.2%,近东起源的支系T2占8.9%,东北亚起源的支系T4占9.9%。本研究中没有发现代表非洲起源的T1单倍型群。9.中国普通牛的迁移早于瘤牛的迁移,而且存在两个可能的迁移路线,一条为自西向东的东迁,一条为自北向南的南迁。中国北方地区的黄牛品种没有发现瘤牛个体,由南向北瘤牛的比例在减少,证明了瘤牛的迁移则是自南向北的北迁,起源地可能为中国的云南和西藏附近地区。而普通牛很可能是通过两个路径迁移的。