自步入经济全球化与科技全球化的时代以来，产学研合作逐渐成为国家创新体系中的重要的组成部分，对推动国家技术创新有着重要的战略意义。同时，为降低因技术复杂性、环境不确定性等因素所产生的高额交易成本费用，越来越多的企业选择与学研机构开展联盟合作，通过利用外部的资源来弥补自身的不足，从而提升各自的竞争力。但实践表明，虽经过多年的发展，产学研合作失败的案例却也时有发生，而国内外学者们的研究指出导致其失败的根本原因就是由于利益分配的不合理。完善的利益分配机制应当是由利益共享和风险共担两方面协同构成的，且产学研合作是一个不断变化的阶段性动态过程，因而本文主要是围绕产学研合作的不同阶段，来研究多阶段多层次的合理的利益分配机制。　　本文首先是通过对国内外学者研究的综述基础上，总结出现有对产学研合作利益分配研究的不足，引出本文的主要研究内容。同时通过系统性地分析产学研合作的利益构成，对目前产学研合作利益分配机制的构成与问题进行具体的分析，指出其问题根源主要来源于利益分配约束机制的单一与静态，因而接下来就从理论层面提出了多阶段多层次的利益分配方案，将利益共享与风险共担结合在一起，同时也考虑了合作成员的绩效表现与合作的阶段变化，并利用实际案例来进行实证分析。实证结果表明，随着利益分配的一次次调整，合作各主体的绩效满意度不断提升，而合作整体的风险却呈下降趋势，合作的利益得到最大化分配，最终实现技术突破并进行更深层次的合作。最后根据案例的实际情况给出了相应的制度保障措施。