第二代和第三代测序技术的出现推动了基因组项目和高通量基因组学研究的快速发展。基于第二代或第三代测序数据的全基因组从头拼装是研究一个物种基因组的第一步。作为世界范围内的水果作物,柑橘属果树在育种、遗传和基因组学研究方面具有重要的价值。柚子作为柑橘属的一个重要物种,具有很高的食用和经济价值以及重要的研究意义。此前,柚子基因组尚未完成测序。本研究中,我们同时利用第二代(Illumina Hi-Seq)和第三代(PacBioSMRT)测序技术对一株柚HWB进行了全基因测序。采用混合从头拼装方法,我们首先仅基于二代测序数据拼装出一个基因组,然后利用三代测序数据(校正后的SMRT长读本)完善此基因组。最终,我们获得了 332Mbp 的柚子基因组,其中,Contig N50 为 185.7Kbp,Scaffold N50 为1.77Mbp。质量评估显示:原始数据到基因组的映射率在90%以上,转录本到基因组的映射率为98.43%(45296/46018),而对真核生物核心保守基因的注释率为95.16%(236/248)。最后,我们总结了我们的混合从头基因组拼装流程,并相信它对其它物种基因组的研究也有用处。