随着公共财政改革的深化，财政专项资金管理制度化、信息化、绩效化逐步完善的同时，审计发现，财政专项资金在流程和使用管理上存在的问题却屡禁不止、周而复始地出现。这些问题的存在引起了社会和学术界的极大关注。2014年，审计署发布《关于切实发挥审计监督作用促进经济平稳健康运行的若干意见》，要求审计发挥“促进专项资金规范使用”、“促进提高财政资金使用绩效”的作用。在现行审计管理状况下，要充分发挥审计对财政专项资金的监督作用，对财政专项资金审计管理的探索是有必要且意义深远的。　　本文主要采取调查研究、规范研究和实践经验总结研究相结合的方法，从财政专项资金管理现状和审计管理现状两条相互关联又独立运行的管理线入手，结合S市的实际情况，利用财政、审计以及调查数据的支持，运用归纳法和演绎法，对管理现状进行归纳总结，对产生原因进行推理。首先，揭示当前财政专项资金管理方面产生问题的三大原因：一是问责不严，“权力”与“责任”不对等，导致了资金使用中“重资金，轻效益”的问题；二是责任主体不明确，部门间配合不到位，突出了资金流转过程中“重流程，轻效率”的问题；三是资金分配跳出受资者实际的需求方向，体现了资金分配者“重政绩，轻惠民”的情况。其次，针对审计管理现状，论文从财政专项资金审计管理的难点、审计面临的压力分析，以定性分析为主，辅之以定量数据分析，总结当地审计管理存在覆盖面不足、信息掌握不充分、工作规划性不足、审计效果不理想的问题，通过分析研究，总结出制约审计工作的三大因素：制度体制的不完善；信息化发展的不足；高素质人员的缺失。最后，结合财政专项资金管理情况，运用审计管理理论，制定一套符合地方发展现状的对策建议：从制度完善、加强沟通和信息传递入手完善审计外部环境；建立科学的审计管理模式，包括构建联网审计系统（OLA）、做好审计项目规划和分类滚动计划、推行结合审计、“参与式”审计和绩效审计模式；针对内部环境建设，采用质量控制、审计结果运用以及人才体系建立等方式予以改善。