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【目的】分析同源结构域相互作用蛋白激酶2（Homeodomain-interacting protein kinase 2,HIPK2）基因多态性与中国人群肾结石易感性的关系,探讨肾结石发病的危险因素。【方法】在2014年4月至2015年2月期间,本课题组在广西（南宁、贵港、玉林、防城港、梧州、钦州等六个地区）十二家医院收集了肾结石病例2080例,健康对照4317例。我们按随机数字法随机抽取了1010例肾结石患者,按性别、年龄、地理位置匹配后,随机抽取了1010例健康对照进行HIPK2基因位点（rs2058265,rs6464214和rs7456421）的检测。本研究使用上海天昊生物科技有限公司的SNPscanTM多重SNP分型试剂盒对研究对象进行HIPK2（rs2058265,rs6464214和rs7456421）的分型。利用卡方检验比较肾结石患者和健康对照之间基因型和等位基因频率的差异。通过卡方拟合优度测试来验证每个SNP的Hardy-Weinberg平衡（HWE）。采用校正协变量前后的Logistic回归模型分析的比值比（Odds Ratio,OR）和95%置信区间（95%Confidence Intervals,95%CI）来评估肾结石与基因型之间的相对危险度及相关性。使用协变量调整的一般线性模型分析来比较基因型之间的数量性状差异。使用SHEsis软件平台构建单倍型（http://analysis.bio-x.cn）【结果】按性别分层后,HIPK2基因多态性（rs2058265,rs6464214和rs7456421）的基因型及等位基因分布与男性中肾结石的风险增加密切相关（rs2058265:OR=2.480,95%CI=1.205–5.106,P=0.014;rs6464214:OR=2.466,95%CI=1.198–5.078,P=0.014;rs7456421:OR=2.846,95%CI=1.362–5.947,P=0.005;r2058265T,OR=1.357,95%CI=1.073–1.715,P=0.011;rs6464214G,OR=1.340,95%CI=1.060–1.693,P=0.014;rs7456421C,OR=1.356,95%CI=1.073–1.713,P=0.011）。肾结石患者中,HIPK2基因多态性变异位点携带者（r2058265T,rs6464214G,rs7456421C）收缩压,肌酐和尿酸水平比野生基因型携带者（r2058265GG,rs6464214AA,rs7456421GG）高（P<0.005）。对男性参与者进行单体型分析后,在最常见的单体型类型GAG中,它与男性患者肾结石的风险增加相关（OR=1.329,95%CI=1.067–1.657,P=0.011）;而单体型TGC与男性肾结石的风险降低有关（OR=0.752,95%CI=0.604–0.938,P=0.011）。【结论】HIPK2基因多态性（r2058265,rs6464214,rs7456421）与男性肾结石的风险增加密切相关。同时HIPK2基因多态性也参与了肾结石相关代谢指标的变化,其可能通过对肾功能的改变并与性激素共同作用而影响肾结石的形成。