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侧耳属中可以栽培的种或品种泛称为平菇。侧耳属已知有31个种，目前进行商业性栽培的约有10个种。据统计，2004年中国大陆产鲜菇1160万吨，占世界产量75％，其中平菇产量299万吨居世界第一。本文利用分子标记技术：SPAP、RAPD、ISSR、rDNA的ITS序列，并结合形态学特征，分析了四种平菇：秀珍菇(Pleurotus goesteranus Singer)、鲍鱼菇(Pluwrotus abalonus Han，K．M．Chen et al．)、凤尾菇(Pleurotus pulmonariusFr．Sing)和高温平菇的种内个体亲缘关系，并且对部分菌种进行了分类鉴定。通过分析得出结论：1、单独的一个分子标记不易于准确鉴别菌种，几种分子标记技术的组合应用可使菌种鉴别的结果较为准确。2、分子标记技术可为生产实践中菌种鉴定提供分子水平上的依据。但是对有疑问或有争议的菌种，应该结合菌种的菌丝和子实体形态特征及其生理生化特征，从而做到正确的分类。通过秀珍菇34个菌种的SRAP、RAPD和ISSR综合分析，采用Jaccard聚类距离中的类平均法(UPGMA)进行聚类分析发现：P1．g0017、P1．g0018和P1．g0019；P1．g0029、P1．g0030和P1．g0031；这两组菌种间的亲缘关系很近，可能为“同种异名”。此外，利用SRAP、RAPD和ISSR技术，通过DPS软件系统，采用Jaccard聚类距离中的类平均法(UPGMA)进行聚类分析，在D=0.57相异系数水平上，将34个供试菌株分为8个群体。通过鲍鱼菇16个菌株的综合分析，发现鲍鱼菇和盖囊侧耳(Pleurotuscystidiosus O．K．Miller)因形态特征和生物学特性相近常被混淆。通过rDNA的ITS序列分析发现菌株P1．a0002应该为盖囊侧耳。此外，通过菌丝形态判断菌株P1．a0004应该不是鲍鱼菇或盖囊侧耳，rDNA的ITS序列分析揭示它可能是糙皮侧耳。在D=0.57水平上，将16个供试菌株分为5个群体。通过凤尾菇9个菌株的综合分析，发现菌株P1．p0006应该不是凤尾菇菌种，属于“同名异种”现象。它的子实体形态与其他风尾菇菌种的形态存在差异。菌株P1．p0006子实体形态为扇状，菌盖形式为平展。而P1．p000l、P1．p0002、P1．p0008、P1．p0005、P1．p0007等菌株子实体形态为漏斗状，菌盖形式为漏斗状。此外，利用SRAP、RAPD和ISSR技术，在D=0.58水平上，可将9个凤尾菇菌株分为5个群体，包括1个复合群体和4个单一群体。通过高温平菇16个菌株的综合分析，得出结论：高温平菇不是盖囊侧耳(Peurotus cystidiosus O．K．Miller)，而是商品名称。它应该是生产实践中，栽培者为了简便，把侧耳属的高温型平菇皆称为高温平菇。利用SRAP、RAPD和ISSR技术，在D=0.58水平上，可将16个供试菌株分为6个群体，包括2个复合群体和4个单一群体。