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目的:沙眼衣原体（Ct）是世界上最常见的细菌性性传播病原体。本研究旨在明确女性生殖道Ct感染分子、血清流行病学及其与临床特征的关联,为有效控制Ct感染提供参考依据。方法:收集2019年7月至2021年6月于郴州市第一人民医院就诊的16-70岁女性宫颈拭子样本8261例,血清样本743例。应用巢式PCR联合测序技术对Ct DNA 阳性标本进行分型;DNAStar及MEGA7软件分析Ct omp1 VS1-VS2片段突变位点、Ct DNA阳性样本序列间的关联程度及进化距离;荧光素酶免疫吸附法（LISA）检测血清样本Ct pgp3抗体;收集患者白带常规、阴道镜及宫颈细胞学检查结果,回顾性分析其与Ct分子及血清流行病学的关联。结果:1.本研究女性生殖道Ct总体感染率为3.74%（309/8261）,其中妇科就诊女性感染率为4.76%（165/3468）,不孕女性感染率为3.36%（62/1843）,体检女性感染率为2.78%（82/2950）,三组Ct感染率之间比较差异有统计学意义（P＜0.05）,而不孕女性与体检女性Ct感染率之间比较无显著性差异（P＞0.05）,年龄是 Ct感染的危险因素（OR=0.951,95%CI:0.939-0.963,P＜0.001）;2.Ct DNA 阳性患者白带清洁度异常水平[63.13%（125/198）vs 33.97%（283/833）,P＜0.001]以及 CIN 发生率[15.05%（14/93）vs3.09%（36/1166）,P＜0.001]高于Ct DNA阴性患者;3.本研究309例Ct DNA阳性样本中,共检出9种Ct基因型（B、Da、D、E、F、G、H、J、K）,最常见的三种基因型分别为E[1.03%（85/8261）]、F[0.87%（72/8261）]、J[0.73%（60/8261）]。进化树结果显示:F与 G型同源性较高,H、J、K型同源性较高,而F与E型同源性较低;4.Ct omp1基因VS1-VS2片段总体突变率为27.30%（83/304）,其中J型突变率为100%（59/59）,B型无突变;5.Ct omp1 VS1-VS2 片段突变患者炎症[32.08%（17/53）vs 28.10%（43/153）,P＞0.05]以及CIN发生率[15.09%（8/53）vs7.19%（11/153）,P＞0.05]与未突变患者相比均无显著性差异。阴道镜结果显示Ct omp1 VS1-VS2有义突变患者CIN发生率[40%（4/10）vs8%（2/25）,P＜0.05]高于无义突变患者,而宫颈细胞学显示Ct omp1 VS1-VS2有义突变患者CIN发生率与无义突变患者[21.05%（4/19）vs 11.76%（4/34）,P＞0.05]比较无显著性差异;6.无症状人群中,血清Ct pgp3抗体总阳性率为47.46%（355/748）,Ct DNA阳性人群pgp3抗体阳性率显著高于Ct DNA阴性组[90%（45/50）vs44.41%（310/698）,P＜0.05];Ct DNA阳性人群中,体检组与不孕组pgp3抗体阳性率[86.67%（26/30）vs 95%（19/20）,P＞0.05]比较无显著性差异;而 Ct DNA阴性人群中,不孕组显著高于体检组[56.74%（261/460）vs 20.59%（49/238）,P＜0.001];7.Ct pgp3 抗体阳性者 CIN 发生率[1.14%（3/263）vs 3.31%（6/181）,P＞0.05]与抗体阴性者比较无显著性差异。结论:1.本地区女性生殖道Ct总体感染率相对较高,Ct DNA阳性女性CIN发生率及白带清洁度异常水平均高于Ct DNA阴性女性;年龄是Ct感染的危险因素,提示有必要加大青年女性生殖道Ct感染的筛查力度;2.不孕女性与体检女性Ct DNA阳性率比较无显著性差异,而不孕女性Ct pgp3阳性率显著高于体检女性,提示女性不孕人群多为Ct既往感染。