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目的：本文采用ISSR标记、RAPD标记和16SrRNA基因标记3种分子标记，分析广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹的遗传多样性和群体遗传结构，为种质资源的保护和选育提供依据。方法：1.应用ISSR标记技术分析来自广西沿海及其邻近海区的拟穴青蟹6个地理群体的遗传变异和遗传结构。2.采用随机扩增多态技术检测广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹6个地理群体的遗传变异和遗传结构。3.采用线粒体16SrRNA基因片段分析广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹6个地理群体遗传变异和遗传结构。结果:1. ISSR标记用8条ISSR引物扩增111个个体，分析其中的66个位点，56个位点表现出多态性，结果表明在种水平上的多态位点百分率是84.85%。拟穴青蟹6个群体的多态位点百分率在51.52%-63.64%之间，平均为57.58%。群体的遗传多样性按自高至低顺序排列是清化群体>党江群体>钦州湾群体>流沙湾群体>珍珠湾群体>闸口群体。总的遗传分化系数值（Gst=0.1841）AMOVA分析表明,群体内遗传变异占87.97%,群体间遗传变异占12.03%,流（Nm=2.2164）和两两群体间基因流（2.7348-6.7574）。2. RAPD扩增得到8条10bp寡核苷酸随机引物扩增99个个体，分析其中的44个位点，31个位点表现出多态性，表明在种水平的多态位点百分率是70.45%。POPGENE分析结果表明，6个群体的多态位点百分率在29.55%-54.55%之间，平均为36.97%；群体的遗传多样性高低按自高至低顺序排列是钦州湾群体>党江群体>珍珠湾群体>闸口群体>清化群体>流沙湾群体；AMOVA分析表明，群体内遗传变异占87.03％，群体间遗传变异占12.97％。3.16SrRNA技术检测广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹共得到528bp的片段，21种单倍型，6个群体的平均单倍型多样性（h）、核苷酸多样性（π）分别为0.6259、0.001851。6个群体间的遗传分化指数Fst为-0.1400-0.02977，仅0.1%的变异来自群体间（AMOVA分析），而基因交流值达-51.29-95.23，群体间K2-P遗传距离为0.0006-0.0016。结论：1.拟穴青蟹遗传多样性在甲壳类动物中处于较高的层次，但比甲壳类以外的几类经济海产动物遗传多样性低。2. AMOVA分析表明拟穴青蟹群体内的遗传变异大于群体间的遗传变异。Mantel test显示拟穴青蟹6个群体间的遗传距离与地理距离之间的相关性不显著，6个群体间存在有效的基因流。3.核DNA标记（ISSR、RAPD）和线粒体DNA标记揭示同一群体遗传背景表现出一定的差距，缘于核DNA标记扫描整个基因组，而线粒体基因标记针对的是单个基因位点。