1)水稻与拟南芥基因调控序列比较研究为了研究籼粳亚种基因调控序列的总体特性,我们利用籼粳稻以及拟南芥基因组和全长mRNA序列获取了大量高可信度的调控序列,通过这些序列,分析了水稻基因调控序列顺式作用元件(信号)的数量、分布以及与GC含量的关系等.研究结果表明:一些信号在水稻基因调控序列中发生显著的数量变化,同时一些信号数量在水稻与拟南芥基因间存在明显差异,这说明这两个单双子叶植物间信号的使用上存在偏好,同时水稻不同类型基因以及特有与非特有基因间在信号的使用上也存在差异.这些差异信号的分布直接导致了调控序列GC含量的波动.结果显示没有发现水稻籼粳两个亚种间在调控序列方面(顺式调节因子和GC含量等)存在明显差异.2)植物基因组转录起始位点研究我们利用UniGene数据库"转录本"序列数据,通过生物信息学方法,对已有全长mRNA序列数据的基因进行其转录本5端序列的比对,获得该基因编码区前所有转录本的启始位点信息.通过7种植物17437个基因的分析表明,植物基因平均在171bp(mRNA水平上)或174bp(基因组水平上)的区间内转录启始,转录频率分布基本呈正态分布.为此我们研发了基因转录启始频率分析程序包PIFMaker,并基于以上分析获得的数据,建立了植物基因转录频率数据库(PIFdb,http://ibi.edu.edu.cn/bioinplant/pif/).该研究分析基于该数据库第2版(Release 2.0)数据.