模式动物小鼠是复杂性状相关疾病遗传研究的重要资源。现有的实验小鼠遗传背景清楚,但遗传多样性缺乏,且亚种来源单一,M.m.domesticus占现有实验小鼠基因组来源的绝大部分。而早期研究显示我国北方小家鼠以M.m.musculus亚种为主,南方以M.m.castaneus亚种为主,且我国广泛存在这两个亚种的杂交地带。因此,我国野生小家鼠亚种对现有实验小鼠资源是重要的补充。构建小鼠特异染色体替换系群,将野生小鼠特定染色体引入遗传背景十分明确的实验小鼠C57BL/6J品系,增加特定染色体的遗传多样性,纯化其余基因组背景,是复杂性状研究的新思路。本课题构建24个野生小鼠与实验小鼠C57BL/6J的杂交家系,获得F1代,并通过DNA测序信息,对小鼠1号染色体替换系群的供体染色体进行连锁不平衡分析,评价染色体替换资源的遗传多样性及其对复杂性状研究的价值。本研究在全国9个省市24个采样点采集野生小家鼠。采样点涵盖了我国动物地理区划7个分区,即东北区、华北区、华中区、华南区、蒙新区、青藏区、西南区中的前4个分区。本研究应用DNA测序技术获得SNP,从以下方面对野生小鼠与C57BL/6J杂交家系的F1代的1号染色体进行分析:(1)明确染色体替换小鼠遗传资源的SNP分布密度,了解其在复杂性状中的应用范围;(2)明确染色体替换小鼠资源LD程度,了解复杂性状相关基因定位的分辨率。研究结果如下:(1)中国野生小鼠资源南方以M.m.castaneus亚种为主,北方以M.m.musculus亚种为主,两个亚种相互渗透。(2)南方亚种的多样性多于北方亚种,大新小鼠的多样性更为丰富,并保留着不少特殊的SNP。(3)野生小鼠SNP平均密度为7个/kb,而近交系小鼠SNP密度仅为3.06个/kb;除去野生来源的近交系之后,经典品系小鼠的SNP密度为2.08个/kb。(4)野生小鼠在同一单倍域内,按遗传距离单倍型可分为2类——南方亚种单倍型和北方亚种单倍型。(5)野生小鼠的单倍域最小为1.1kb,最大不超过20kb,每个测序间隔区内发生重组。(6)经典品系小鼠的单倍域最大近80kb,最小也有16.4kb。实验小鼠和野生小鼠各具优势,都是复杂性状基因定位的重要遗传资源。如果群体LD程度高,相关连锁区段大,有助于用少量遗传位标来对目标基因进行初步定位;反之,如果群体LD程度低,相关连锁区段小,则利用高密度的遗传位标可以对目标基因进行精细定位。